无需标记就能检测细胞周期

niwanmao

在 2016年1月7日的 Nature Communication杂志上，有这么一篇有意思的文章《Label-free cell cycle analysis for high-throughput imaging flow cytometry》（http://www.nature.com/ncomms/201 ... ll/ncomms10256.html），就是说用图像流式细胞仪快速获取到每个细胞的图形，然后利用事先建立的机器学习模型来判断每个细胞处于哪个周期（G0/G1、S、G2/M）。实验结果中几个图形证实了这个方法与真实结果的一致性，r值在0.8～0.9左右。我觉得这个方法好在哪里呢，主要是不用标记PI，既减少时间，又可使得很多新手避免了固定、染色上的众多问题，使结果稳定。尽管目前图像流式细胞仪不具有根据物理学参数分选的功能，但相信他们看到这篇文章，可能会在未来的机器上将这种功能做上去吧，如果那样的话不用标记就可以把某个周期的细胞分选出来培养了，还不影响细胞活力。文中的代码都是MATLAB代码，建议有兴趣的朋友可以试试强大的MATLAB，图形处理和算法处理功能十分强大。


下面看文章中的两幅图：
图1、分析流程。首先从图像流式细胞仪中获取亮场图像和暗场图像（相对于对应的是常规流式细胞仪的FSC和SSC两个参数），然后对这两个图像进行15×15的分割，接着结合开源软件CellProfiler进行图像特征提取，最后，采用已建立的特征库，判断该细胞处于哪个周期。



图2，一个示例，上面是用PI染色后测出的真实细胞周期，下图是根据图1的方法预测出的各周期比例，两者相关度0.896。

sharem

这个亮场图像和暗场图像是增加特定的detector么？

niwanmao

sharem 发表于 2016-1-12 09:31
这个亮场图像和暗场图像是增加特定的detector么？

图像流式细胞仪我没用过，看文章描述应该是自带的功能。

sharem

niwanmao 发表于 2016-1-12 20:25
图像流式细胞仪我没用过，看文章描述应该是自带的功能。

哇，那这个仪器能应用到临床也不错啊