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细胞周期分析,我如何确定几倍体?

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发表于 2018-8-1 11:34:34 | 显示全部楼层 |阅读模式

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一个细胞周期结果出来,如果已经知道样本是2倍体,很简单,用Modfit等专业软件,一拟合,马上就出来了:
Fig1.png


但如果样本的倍体未知呢?苦恼了。

没关系,两个绝招。

1、用鸡红细胞核

我们会发现,很多标准的Protocol里面,都会提到用鸡红细胞做倍体参照,其实就是鸡红细胞核(CEN)。CEN的DNA含量大约是人的35%,这就意味着人的细胞DNA指数是1.0,CEN的DNA指数是0.35。因此,可以用CEN峰的位置,就能确定未知样品的相对DNA指数。
Fig2.png
另外,也可以用鳟鱼红细胞核(TEN),但TEN的DNA含量是人的80%,就是DNA指数0.8,所以TEN的G2/M峰可能会与人细胞的S期重叠,使得细胞周期分析困难。 因此,大多数情况下,还是会用CEN,不会对样本的直接分析产生干扰。

2、用已知倍体的样本

如果你有已知的倍体,也是可以用于做参照的。例如有一份已知二倍体的细胞,上机后得到2C和4C两个峰,再上一个未知样本,发现其两个峰分别是4C和8C的位置,那么就可以确定该样本是四倍体。但分析的时候,不能像用CEN那样直接采用混合样本,因为已知倍体的样本会对分析产生干扰。所以个人建议需要设置两管:
(1)已知倍体+未知倍体,确定倍体类型
(2)未知倍体,分析倍体和周期分布
Fig3.jpg


参考:Vindeløv, L.L., Christensen, I. J., Nissen, N. I. (1983) Standardisation of high-resolution flow cytometric DNA analysis by the simultaneous use of chicken and rout red blood cells as internal reference standards. Cytometry 3, 328-331.
发表于 2019-5-15 08:37:31 | 显示全部楼层
长空朗月 发表于 2019-5-14 21:53
老师您好,我想问下您说的第2种方法“用已知倍体样本”中提到的:已知倍体+未知倍体,确定倍体类型。这个已 ...

是的,混在一起,用已知的做为内参。
发表于 2019-4-27 22:11:54 | 显示全部楼层
请问一下植物的倍体标准品用什么?
 楼主| 发表于 2019-4-28 16:28:41 | 显示全部楼层
qingshi 发表于 2019-4-27 22:11
请问一下植物的倍体标准品用什么?

植物有专门的标准品的,有已知倍体和核酸含量的标准品。
发表于 2019-5-9 21:51:19 | 显示全部楼层
niwanmao 发表于 2019-4-28 16:28
植物有专门的标准品的,有已知倍体和核酸含量的标准品。

老师,我想要的也是这种峰图,请问您是怎么做出来的?我的峰图中理论上应该出现2c,4c,8c甚至是16c,这样的结果,我该怎么得知他们各自的比例呢?
 楼主| 发表于 2019-5-10 08:59:54 | 显示全部楼层
楚雪菡 发表于 2019-5-9 21:51
老师,我想要的也是这种峰图,请问您是怎么做出来的?我的峰图中理论上应该出现2c,4c,8c甚至是16c,这 ...

Modfit里面每个倍体的位置拉好之后,拟合,软件自动计算。也可以在普通软件里面自己设门,可以读出比例。
发表于 2019-5-10 12:03:58 | 显示全部楼层
niwanmao 发表于 2019-5-10 08:59
Modfit里面每个倍体的位置拉好之后,拟合,软件自动计算。也可以在普通软件里面自己设门,可以读出比例。 ...

恩恩,好的
发表于 2019-5-10 12:04:24 | 显示全部楼层
niwanmao 发表于 2019-5-10 08:59
Modfit里面每个倍体的位置拉好之后,拟合,软件自动计算。也可以在普通软件里面自己设门,可以读出比例。 ...

老师说的普通软件是?
发表于 2019-5-14 21:53:42 | 显示全部楼层
老师您好,我想问下您说的第2种方法“用已知倍体样本”中提到的:已知倍体+未知倍体,确定倍体类型。这个已知+未知是这两种细胞混在一起,然后用流式分析吗?
发表于 2019-5-15 20:15:00 | 显示全部楼层
tiger 发表于 2019-5-15 08:37
是的,混在一起,用已知的做为内参。

老师,还想追问一下:1.上机的时混合样与未知倍体样所调参数设置要一样吗?比如说电压...
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