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无需标记就能检测细胞周期

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发表于 2016-1-11 20:34:52 | 显示全部楼层 |阅读模式

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在 2016年1月7日的 Nature Communication杂志上,有这么一篇有意思的文章《Label-free cell cycle analysis for high-throughput imaging flow cytometry》(http://www.nature.com/ncomms/201 ... ll/ncomms10256.html),就是说用图像流式细胞仪快速获取到每个细胞的图形,然后利用事先建立的机器学习模型来判断每个细胞处于哪个周期(G0/G1、S、G2/M)。实验结果中几个图形证实了这个方法与真实结果的一致性,r值在0.8~0.9左右。我觉得这个方法好在哪里呢,主要是不用标记PI,既减少时间,又可使得很多新手避免了固定、染色上的众多问题,使结果稳定。尽管目前图像流式细胞仪不具有根据物理学参数分选的功能,但相信他们看到这篇文章,可能会在未来的机器上将这种功能做上去吧,如果那样的话不用标记就可以把某个周期的细胞分选出来培养了,还不影响细胞活力。文中的代码都是MATLAB代码,建议有兴趣的朋友可以试试强大的MATLAB,图形处理和算法处理功能十分强大。


下面看文章中的两幅图:
图1、分析流程。首先从图像流式细胞仪中获取亮场图像和暗场图像(相对于对应的是常规流式细胞仪的FSC和SSC两个参数),然后对这两个图像进行15×15的分割,接着结合开源软件CellProfiler进行图像特征提取,最后,采用已建立的特征库,判断该细胞处于哪个周期。
Label-free1.jpg


图2,一个示例,上面是用PI染色后测出的真实细胞周期,下图是根据图1的方法预测出的各周期比例,两者相关度0.896。
label-free2.jpg



发表于 2016-1-12 09:31:04 | 显示全部楼层
这个亮场图像和暗场图像是增加特定的detector么?
 楼主| 发表于 2016-1-12 20:25:46 | 显示全部楼层
sharem 发表于 2016-1-12 09:31
这个亮场图像和暗场图像是增加特定的detector么?

图像流式细胞仪我没用过,看文章描述应该是自带的功能。
发表于 2016-1-13 09:39:54 | 显示全部楼层
niwanmao 发表于 2016-1-12 20:25
图像流式细胞仪我没用过,看文章描述应该是自带的功能。

哇,那这个仪器能应用到临床也不错啊
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