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曾有如此强大的免费流式分析软件Flowing

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发表于 2018-6-15 10:58:57 | 显示全部楼层 |阅读模式

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无论是在论坛上,还是在线下,常会有人问破解版FlowJo或破解版××哪里可以下载?可能商业软件的宣传比较深入人心吧。但是我真想说一句,有一个5年前出品的免费流式分析软件——Flowing,尽管5年未更新,但是其中的功能对于95%以上的人足够用,更值得一提的是,其中有几个功能商业软件都没做得这么贴心或者根本就没有。

这个软件是由芬兰的Perttu Terho等人开发,采用流程图方式分析,特色十足且清晰。
Fig0.png
今天,我就稍微挑几个大家常用的、急需的功能用这个软件演示一下。

1、普通的散点图和密度图、设门相关
软件的分析流程和其它软件略有不同,需要先利用Visualization Tools下面的Plot或Histogram先绘制出图框(可绘制普通散点图,也可绘制密度图、直方图、叠加直方图,叠加直方图后面讲),再选择FCS文件(LMD文件也支持,但是我测试发现,大的LMD文件容易出错,所以还是建议优先用FCS文件)。
Fig1.png Fig2.png Fig3.png

更改坐标参数,和其它软件类似,都是在坐标上鼠标右键选择。设门,则是在图上空白区域点鼠标右键,选择Create new Region,至于门的名称、颜色、逻辑组合、删除,都是在右侧Populations窗口鼠标右键执行,这些功能我觉得比Flowjo好用,尤其是逻辑组合:
Fig15.png


2、散点图细胞太多,看不清,想少显示一些

对于获取稀有事件的朋友,会获取百万级别的细胞,此时,细胞群之间的分界就看不清楚,为此,就需减少显示的细胞数量,以便圈门。
Flowjo有这功能,Kaluza直到新的2.0版本才具备此功能,而Flowing在5年前就具备了此功能,而且其选择数据的功能十分多样。
在菜单中,选择Data Reduction Tools下面的Reduce Event Number:
Fig4.png

会在主界面出现一个空白框Event Number Reducer:
Fig5.png

选中该框,选择FCS文件后,然后鼠标右键选择减少事件的方法,可选择固定的数量,也可选择百分比,可选择从文件头取,也可以按照隔行取事件,最后将这个Event Number Reducer与散点图连接,即可显示数量减少后的图形:
Fig7.png


3、特色:让直方图的门自动微调
不同数据文件之间,如果两个峰比较明显,但是其分群位置略有变动,大家经常需要自己去手动调,少许几个文件还好说,如果上百个数据一个个去调,要累死人的。
Flowing就有自动微调功能,不知道是否孤陋寡闻,这个功能我觉得还是非常特色的,很少有软件有此功能。

首先画一个Histogram,然后在上面分别画阳性峰和阴性峰的Region,这一步一定要做:
Fig8.png

接着,从菜单Create→Region Control Tools下选择move Regions over Negative and Positive Populations:
Fig9.png

将图形与该功能框连接后,默认是显示Non Active的:
Fig10.png

鼠标右键点击该框,选择Active Control即可:
Fig11.png

至于其中自动调整的算法,有三种算法可选,大多数用第一种,如果峰的分隔不是特别好或第一种调坏了,你可选择后面两种:
Fig12.png

接下来用菜单中的Next file in directory或快捷键Ctrl+N切换到下一个文件:
Fig13.png

看下图的效果:
Fig14.png


4、补偿调节
Flowing的补偿调节虽然没有商业软件可视化拖动滑动条那么简单,但相对来说,也算是比较清晰容易了。
首先选择Create→Data modification tools下面的Compensate Data功能:
Fig16.png

出现一个空白框,将该框与已选择FCS文件的散点图连接(注意箭头朝向),然后按照下图的数字标识依次进行操作:Edit modifications→窗口中选择调节补偿的参数,Remove第一个参数 From第二个参数→点击Save之后,调整Spillover值,就可以看到散点图上的图形补偿发生了变化:
Fig17.png


5、直方图叠加
选择Create→Visualization Tools下的Overlay Histogram:
Fig18.png

接着将其它多个直方图与此框连接(箭头指向此框),即可完成叠加,但是坐标要求名称一致:
Fig19.png

这里有FLOWER要问了,我要给直方图加上颜色,好办,只要给那两个普通的直方图加上颜色,叠加直方图也会自动显示透明色的:
Fig20.png


6、批量处理和统计
商业软件的批处理都有做进去,Flowing的批处理也一点不逊色。
例如我要统计某个抗原表达率,逐级设门后,最后选择抗原表达的直方图或散点图,鼠标右键菜单中选Create Statistics ,就会出现Statistics框,将常见参数都显示出来了,这只是第一步,接下来在Statistics框上再点击鼠标右键,选择Create StatList,接下来,只需在散点图或直方图上,按Ctrl+N或Ctrl+P前后切换数据,就会看到StatList上不断有数据添加上去,最后只需复制StatList上的数据即可。
Fig22.png



更多视频介绍
这次先简单介绍这6个功能,软件还有很多强大的功能,足够大伙儿用了。作者放出的简单视频里面,介绍的更多,大家可稍微看一下(视频比较糊,不过只是了解一下):



如果需要更详细的、更高清的视频教程,在官方网站上有wmv格式的视频教程下载:http://flowingsoftware.btk.fi/index.php?page=4,不过网速可能偏慢。

安装
软件需要.net framework 3.5支持,需从微软网站下载:http://www.microsoft.com/zh-cn/download/details.aspx?id=21 flowing官方网站的下载程序由于为clickonce发布的,故安装时会默认安装至c:\temp,容易被误删,故我将该目录下的程序提取并改名打包,上传于此,大家可在.net framework 3.5安装完成后直接解压缩运行:http://www.flowcyto.cn/bbs/forum ... amp;page=8#pid11275


现在,你还要去找商业软件的话,我就无奈了

发表于 2018-6-19 09:43:12 | 显示全部楼层
您好,我请教个疑问,我看到视频里图片可以自动粘贴到一起,就是creat-collection tools-Image collector(well plate)这个工具,要怎样让所有的图都显示出来?我的是选择散点图按ctrl +N/ctrl+P后一张图片前后切换,不会所有的图平铺起来。
谢谢
 楼主| 发表于 2018-6-19 20:36:04 | 显示全部楼层
路西法 发表于 2018-6-19 09:43
您好,我请教个疑问,我看到视频里图片可以自动粘贴到一起,就是creat-collection tools-Image collector( ...

你指的是Image Collector的功能,可参见视频:http://flowingsoftware.btk.fi/object_help/08-imagecollector.wmv
发表于 2018-6-22 18:12:24 | 显示全部楼层
有立体图吗
发表于 2018-6-27 10:05:26 | 显示全部楼层
汉化一下就好了,哈哈
 楼主| 发表于 2018-6-27 17:49:00 | 显示全部楼层
liushixibao 发表于 2018-6-27 10:05
汉化一下就好了,哈哈

这么难的流式都能学会,这么简单的菜单英文能难得住你?
发表于 2018-7-24 15:13:23 | 显示全部楼层
倪老师,我用flowing怎么打不开FCS文件呢?每次点击时总提示说文件格式不是FCS,可我存的确实是
 楼主| 发表于 2018-7-24 22:09:33 | 显示全部楼层
wilsay@126.com 发表于 2018-7-24 15:13
倪老师,我用flowing怎么打不开FCS文件呢?每次点击时总提示说文件格式不是FCS,可我存的确实是 ...

你仔细看使用步骤,肯定是使用步骤不对。Flowing是先画图,然后再选中图以后打开FCS
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