流式检测中，给出了两个样品细胞的Geo mean，要比较这两组...

liyue1718408

实验步骤如下：

1，两个细胞样品，分别做A、B处理，然后用荧光染料染色，（还有个没有染荧光的对照样品C）用仪器FACSCantoTM flow cytometer (BD Biosciences）做的流式，操作员给了我后缀为.fcs的文件。

2，由于自己的电脑没有流式软件，网上下了一个“WinMDI 29 流式 图处理软件”，不但可以将两个样品的结果叠加到一张图上（如图1），还给了我GMean、CV等值（如下表）。

（样品C）

File: Specimen_006_Tube_012.fcs   

Sample ID: Specimen_006

Gates:

Gated Events: 10000

Param name     M  Low,Hig Events %Total  %Gated   GMean     CV   Peak,Value

PE-            0    0,1023  10000 100.00  100.00     4.72  58.85    1031,1

（样品A）

File: Specimen_006_Tube_013.fcs

Sample ID: Specimen_006

Gates:

Gated Events: 10000

Param name     M  Low,Hig Events %Total  %Gated   GMean     CV   Peak,Value

PE-            0    0,1023  10000 100.00  100.00    46.59  17.37     102,33.9821

（样品B）

File: Specimen_006_Tube_014.fcs

Sample ID: Specimen_006

Gates:

Gated Events: 10000

Param name     M  Low,Hig Events %Total  %Gated   GMean     CV   Peak,Value

PE-            0    0,1023  10000 100.00  100.00    84.90  10.69     106,89.7687

我的问题是：

1，GMean应该就是geo mean吧？我要比较这两个样品发出的荧光，可以用“样品A的GMean” 比上“样品B的GMean”么？ 比如，用46.59/84.9  ?

目前看的关于流式的文章不多，大多用图形来表示流式的结果。现在给我数值，我觉得不用挺可惜的，在文章的结果中如何表达呢？ 查英文有“Geometric mean ratio”一个术语呢，可是根据关键词找到的全文文章都不能给我作为模板参考呢。

2，CV一般不都是SE与mean的比值么？用%表示么？现在分析给我的CV值是个两位数的值，它是想表示58.85%呢，还是CV值就是58.85这么大？

niwanmao

1、你的目的是比较两个标本之间的变化倍数？首选百分比，如果百分比差别不明显，尝试一下直接用MFI进行统计学比较，而不是相除或相减。

2、是的，CV是有％的。

liyue1718408

niwanmao 发表于 2016-6-15 15:30
1、你的目的是比较两个标本之间的变化倍数？首选百分比，如果百分比差别不明显，尝试一下直接用MFI进行统计 ...

谢谢回复！
第二个问题已经明白了。
第一个还是不懂。两个样品，一个是细胞，另一个是在此细胞基础上提取的细胞核。我想表达细胞核里的荧光 远远低于 整个细胞吸收的荧光。
“首选百分比”，请问是指哪个数据？是指 %Total 还是 %Gated？请问可否给一篇类似的范例文章呢？不知道发表文章时应该如何去表达这个百分比，是作图还是做表....

liyue1718408

niwanmao 发表于 2016-6-15 15:30
1、你的目的是比较两个标本之间的变化倍数？首选百分比，如果百分比差别不明显，尝试一下直接用MFI进行统计 ...

MFI指的是平均荧光强度，那在这里就是用geo mean吗？可是每个样品只有一个geo mean， 一共就两个样品，那么进行统计学比较呢？

niwanmao

liyue1718408 发表于 2016-6-16 10:40
谢谢回复！
第二个问题已经明白了。
第一个还是不懂。两个样品，一个是细胞，另一个是在此细胞基础上提取 ...

既然你设了Gate，肯定是用％Gated。这个为什么要需要范例文章？

liyue1718408

niwanmao 发表于 2016-6-16 15:17
既然你设了Gate，肯定是用％Gated。这个为什么要需要范例文章？

大约是流式检测时操作的人员给我设了gate。
有了%Gate，我还是不会比较两个样品的差异。请问哪里有gate 统计比较的学习资料？
我所看的指导资料 只教到圈一个gate，然后经过一番软件点击，会出来点状图、直方图等等图。但是如何通过图像分析软件给出的每个样品的%gate来做下一步的统计比较，真找不到。

要范例文章是因为没写过关于流式结果的英文文章，所以想照葫芦画瓢....

niwanmao

liyue1718408 发表于 2016-6-17 15:27
大约是流式检测时操作的人员给我设了gate。
有了%Gate，我还是不会比较两个样品的差异。请问哪里有gate  ...

你要比较两类样本之间的表达率差异，首先，两类样本至少要有足够的样本量，其次，按照你两类样本的表达率分布形态选择相应的统计学方法，一般来说，如果样本量相等，并且一一对比，多采用t检验，否则大多采用ANOVA。

流式的文章一搜一大堆，你可以用你课题的关键词搜一下不就OK了。

liyue1718408

niwanmao 发表于 2016-6-18 10:27
你要比较两类样本之间的表达率差异，首先，两类样本至少要有足够的样本量，其次，按照你两类样本的表达率 ...

非常感谢老师的回复！
根据您的几轮解答，我想我离自己的答案越来越近了。呵呵流式的文章是有一堆呃，但是人家都是给出的统计结果，如何从原始数据得到统计结果，我看不到。不过您的意思我大概明白了，t检验我还是会的。

只是t检验需要足够的重复样本，“两类样本至少要有足够的样本量”意思不太清楚
请问您所指的样本量是指一个样本里要有足够的细胞数，还是这个样本要有好几个重复？

比如，两瓶细胞，一瓶做A处理，一瓶做B处理，然后消化下来，就是A、B各一个管，上流式，得出A 、B各自的geo Mean、CV等，这是A样与B样可以进行统计学比较么？我想，A、B样里每个样至少有上万个细胞啊，每个细胞不是都有其对应的荧光值么？这种算不算N=10000？这样的A组B组可否进行统计比较？

还是，其实需要A处理至少3瓶细胞，B处理至少3瓶细胞；流式检测后，得到A组的三个geo Mean、CV，A组的三个geo Mean、CV；然后AB组用各3个的geo Mean数据做T检验？

niwanmao

liyue1718408 发表于 2016-6-22 09:12
非常感谢老师的回复！
根据您的几轮解答，我想我离自己的答案越来越近了。呵呵流式的文章是有一堆呃，但 ...

即使一次数据获取1万个细胞，但你最后拿到的是这1万个细胞的平均荧光强度，只有一个数字，因此，你最后进行统计学比较的只是两个数字。所以我这里所说的当然是指样本重复，而不是说细胞量。