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[流式相关软件] 请教,如何提取FCS文件中每个细胞的具体数据?

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发表于 2021-8-21 15:59:33 | 显示全部楼层 |阅读模式
悬赏1流星已解决
大家好,我已经通过上机并得到FCS文件,想要获得每个细胞的数据。比如,FCS中保存着10000细胞或颗粒的数据,我想要知道每个细胞的FSC、SSC、FL-1A、FL-2A等等数据。从理论而言,这些数据应该是最最原始的数据,并且保存在FCS中。但是要如何提取这些原始数据呢?请各位指教!

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1、利用FlowJo、Kaluza等第三方分析软件,调节好补偿之后,可导出为CSV文件,每行对应一个信号,每列对应的荧光通道或FSC、SSC、TIME等参数 。 2、可用开源的R语言,安装好flowCore之后,利用read.FCS读取FCS文件,然后再write.csv将FCS数据写入到csv文件中,缺陷是无法可视化调节补偿。
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发表于 2021-8-21 15:59:34 | 显示全部楼层
1、利用FlowJo、Kaluza等第三方分析软件,调节好补偿之后,可导出为CSV文件,每行对应一个信号,每列对应的荧光通道或FSC、SSC、TIME等参数 。
2、可用开源的R语言,安装好flowCore之后,利用read.FCS读取FCS文件,然后再write.csv将FCS数据写入到csv文件中,缺陷是无法可视化调节补偿。
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 楼主| 发表于 2021-8-23 19:06:34 | 显示全部楼层
niwanmao 发表于 2021-8-22 10:58
1、利用FlowJo、Kaluza等第三方分析软件,调节好补偿之后,可导出为CSV文件,每行对应一个信号,每列对应的 ...

太好了,谢谢老师
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 楼主| 发表于 2021-9-20 09:40:01 | 显示全部楼层
本帖最后由 hwl985 于 2021-9-20 09:44 编辑
niwanmao 发表于 2021-8-21 15:59
1、利用FlowJo、Kaluza等第三方分析软件,调节好补偿之后,可导出为CSV文件,每行对应一个信号,每列对应的 ...

倪老师你好,我还有问题向你请教。我使用的是C6 PLUS,利用Flowjo导出了csv文件。我是否能够通过FCS的数值来推定细胞或颗粒的绝对大小,比如直径为10um?因为我看到csv文件中参数都是没有单位的。如果不行的话,有其他简易的方法可以测定绝对大小吗?(暂时只有C6 PLUS,没有DLS,也没有定标用的已知粒径的nanobeads)。谢谢老师!
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发表于 2021-9-20 12:27:34 | 显示全部楼层
hwl985 发表于 2021-9-20 09:40
倪老师你好,我还有问题向你请教。我使用的是C6 PLUS,利用Flowjo导出了csv文件。我是否能够通过FCS的数值 ...

如果要测大小,最廉价的建议还是用高倍显微镜比较好,有可靠的参考标尺。
流式的细胞大小虽然和FSC会有相关性,但不完全线性相关,到了一定尺度,会不再增高或降低,所以不太建议直接这样测定。即使有已知的纳米微球做好标准曲线,也不行,因为我们平时都知道,纳米微球和细胞,在同等大小时,FSC和SSC其实都不同的。
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 楼主| 发表于 2021-9-20 14:53:33 | 显示全部楼层
谢谢老师的解答!
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