请教，如何提取FCS文件中每个细胞的具体数据？

hwl985 · 发表于 2021-8-21 15:59:33

大家好，我已经通过上机并得到FCS文件，想要获得每个细胞的数据。比如，FCS中保存着10000细胞或颗粒的数据，我想要知道每个细胞的FSC、SSC、FL-1A、FL-2A等等数据。从理论而言，这些数据应该是最最原始的数据，并且保存在FCS中。但是要如何提取这些原始数据呢？请各位指教！

niwanmao · 发表于 2021-8-21 15:59:34

1、利用FlowJo、Kaluza等第三方分析软件，调节好补偿之后，可导出为CSV文件，每行对应一个信号，每列对应的荧光通道或FSC、SSC、TIME等参数。
2、可用开源的R语言，安装好flowCore之后，利用read.FCS读取FCS文件，然后再write.csv将FCS数据写入到csv文件中，缺陷是无法可视化调节补偿。

hwl985 · 发表于 2021-8-23 19:06:34

niwanmao 发表于 2021-8-22 10:58
1、利用FlowJo、Kaluza等第三方分析软件，调节好补偿之后，可导出为CSV文件，每行对应一个信号，每列对应的 ...

太好了，谢谢老师

hwl985 · 发表于 2021-9-20 09:40:01

本帖最后由 hwl985 于 2021-9-20 09:44 编辑

niwanmao 发表于 2021-8-21 15:59
1、利用FlowJo、Kaluza等第三方分析软件，调节好补偿之后，可导出为CSV文件，每行对应一个信号，每列对应的 ...

倪老师你好，我还有问题向你请教。我使用的是C6 PLUS，利用Flowjo导出了csv文件。我是否能够通过FCS的数值来推定细胞或颗粒的绝对大小，比如直径为10um？因为我看到csv文件中参数都是没有单位的。如果不行的话，有其他简易的方法可以测定绝对大小吗？（暂时只有C6 PLUS，没有DLS，也没有定标用的已知粒径的nanobeads）。谢谢老师！

niwanmao · 发表于 2021-9-20 12:27:34

hwl985 发表于 2021-9-20 09:40
倪老师你好，我还有问题向你请教。我使用的是C6 PLUS，利用Flowjo导出了csv文件。我是否能够通过FCS的数值 ...

如果要测大小，最廉价的建议还是用高倍显微镜比较好，有可靠的参考标尺。
流式的细胞大小虽然和FSC会有相关性，但不完全线性相关，到了一定尺度，会不再增高或降低，所以不太建议直接这样测定。即使有已知的纳米微球做好标准曲线，也不行，因为我们平时都知道，纳米微球和细胞，在同等大小时，FSC和SSC其实都不同的。

hwl985 · 发表于 2021-9-20 14:53:33

谢谢老师的解答！

账号		自动登录	找回密码
密码			加入流式中文网

[流式相关软件] 请教，如何提取FCS文件中每个细胞的具体数据？

最佳答案