自身抗体与许多自身免疫性疾病的发病机制有关，包括系统性硬化症 (SSc)、类风湿性关节炎 (RA) 和系统性红斑狼疮 (SLE) 。 自身抗体通常与临床表型相关，与患者预后相关，并有助于疾病诊断， 例如，抗拓扑异构酶 I (Scl-70) 抗体的存在有助于 SSc 的分类，并且与间质性肺病 (ILD) 和患者预后不良有关。 对产生这些致病性抗体的自身反应性 B 细胞知之甚少，包括它们逃避耐受检查点的机制。过去十年对自身免疫患者的开创性研究已经确定了具有特定表面蛋白表型的新型“自身反应倾向”B细胞亚群。

2008年，Nicholas 及其同事发现三分之一的 SLE 患者的 B 细胞群增加，并且富含anti-smith抗体，这些细胞的特征是高于正常B的CD19表达，因此被称为CD19hi B细胞。

次年，Duty 等人报道了健康人群中中罕见的IgD+IgM-初始B细胞群，称为BND细胞，主要产生针对核和 DNA 结构的抗体，并且与 CD19hi B 细胞不同，这些B细胞似乎是无反应性的。  

2010 年，Meffre 和同事证明，RA 患者中增加的 B 细胞亚群会产生针对核和细胞质结构的抗体，这种无能群体特征是CD21的下调，被称为 CD21lo 细胞。 在 SSc 中也发现了 CD19+CD21lo B 细胞，与这些患者的间质性肺病有关。 然而，该标记不能单独定义自身反应性，因为在正常情况下，例如疫苗反应，活化的 B 细胞上也可以见到低水平的 CD21。

记忆 B 细胞历来被认为是CD27+，然而，2007 年 Wei 及其同事确定“双阴性”CD27-IgD-B 细胞（DN B 细胞）是一种新的记忆 B 细胞群，这一群体在健康人中很少见，但在 SLE 患者中增加，并且与疾病活动性高和几种疾病特异性自身抗体相关。

Simon 及其同事发现 SLE 和原发性干燥综合征 (pSS) 中 CD24highCD38high B 细胞（Transitional B）的比例增加。

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