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介绍一款有意思的免费流式分析软件—CytoSpec
  • 楼主 niwanmao
  • 581172017-7-12 16:55:19
免费版的流式分析软件我们之前向大家介绍过两款:
流式分析助手-免费的跨平台版CellQuest
haven_t热心站友的CFCS流式分析软件
今天向FLOWER们介绍一款有意思的免费流式分析软件—CytoSpec,目前最新版本的9.0,2016年4月19日出的。Purdue大学的作品。
整体看了下,这款软件在补偿调节上貌似没优势,我找了半天没看到调节补偿的地方,但是其特色之处就是加入了PCA分群功能 ,这个功能是欧洲那个Euroflow使用的Infinicyte特有的功能,有点意思。

软件下载地址:
64位版本——Cytospec V 9 64 bit
32位版本——Cytospec V9 32 bit


软件截图:
常规分析
屏幕快照 2017-07-12 下午4.29.04.png

PCA分析
屏幕快照 2017-07-12 下午4.29.42.png

教程:
基本操作介绍
[media]http://www.cyto.purdue.edu/sites/default/files/Tutorials_PlateAnalyzer/cytospec%20tutorials/Demo%201-cytospec-1.m4v[/media]

散点图矩阵:
[media]http://www.cyto.purdue.edu/sites/default/files/Tutorials_PlateAnalyzer/cytospec%20tutorials/Demo%202%20-%20Cytoscpec-1.mp4[/media]

PCA分析:
[media]http://www.cyto.purdue.edu/sites/default/files/Tutorials_PlateAnalyzer/cytospec%20tutorials/Demo3-cytospec-1.mp4[/media]
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请问倪老师什么是PCA分群功能?可否解释一下
774055480 发表于 2017-7-13 11:52
请问倪老师什么是PCA分群功能?可否解释一下

PCA又叫主成份分析,在EuroFlow推荐的白血病标准化方案里面,大多用Infinicyt软件分析,那个软件就采用PCA分析后,PC0和PC1绘制散点图,可以比较好的将所有抗原表达综合到两个参数上,实现降维功能
学习了,谢谢倪老师
  • 5楼 hbezyr
  • 2017-7-14 13:39:51
我没有见过这样子的分析。
对于这里应用PCA很不能理解。
用PCA是为了降维分析样本信息,比如可以简单区分有病与无病人的信息,当然也可以像例子中用来对单个细胞进行区分。
但是在流式中,抗原实际上有很强的生物学意义,对于这些数据来进行PCA分析,有点用错方向了吧?
另外,PCA中各PC对变异的解释是一个很有用的指标,这里完全不显示?

个人意见。
hbezyr 发表于 2017-7-14 13:39
我没有见过这样子的分析。
对于这里应用PCA很不能理解。
用PCA是为了降维分析样本信息,比如可以简单区分有 ...

不是这样单纯的。Euroflow中的应用是选出白血病细胞,然后对其抗原表达进行PCA计算,这样子,不同种类的AML会存在不同的PC值,于是就可以比较好的区分不同种类AML。
如果单纯分群,PCA不是一个好方法。
横纵坐标能手动调整么?
lxk47640 发表于 2024-3-10 04:52
横纵坐标能手动调整么?

这是2016年的软件,那时候的数据都是模拟型的,不是数字型的,所以没有现在这种放大缩小坐标限的功能
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