大家有福了，免费流式分析和管理软件在不久的将来将面世

niwanmao

前段时间，为了寻找相关的流式设门算法，在GOOGLECODE上找到了一个PYTHON编写的流式数据分析库，看了下作者的ROADMAP，很多IDEA跟我们在意见征集贴中发表的意见一致。而且，作者Jacob做的非常详细，很多功能我们都没想到。我最近在准备编译试用，但由于编译时出现问题，无法正常编译，正在与作者联系解决，并在信中希望他能够把软件编译成windows和linux下能直接使用的软件包。
等待作者的回音，我这段时间也会努力把编译的问题解决掉，努力让大家能够早日用上这款软件。

下面是该python库的roadmap：
Introduction

Below are Ideas and road map of development.

Details

Goals

• Create a Python library for flow cytometry data analysis, data
  

  management and visualization.

  
  

2. Requirements

• [ ] Consistent API
  

2. [ ] Libraries 3. [ ] Fast

• [ ] Use optimal data structures and alogrithms
  

2. [ ] Use numpy vector calculations 3. [ ] Foreign language interface (e.g. Cython) 4. [ ] Multi-core 5. [ ] Multi-processor 6. [ ] Exploit GPU

Data structures 0/5

• [ ] FCM class 0/5
  
  • [ ] Components include FCM data, annotations
    

  2. [ ] Behaves like numpy array 3. [ ] Operations can be chained 4. [ ] Maintains audit trail 5. [ ] QA measures

2. [ ] FCM collection class 0/4

• [ ] Experimental annotations
  

2. [ ] Common gating strategy 3. [ ] Controls 4. [ ] QA measures

3. [ ] FCM Analysis classes 0/1

• [ ] Tree structure of "clusters"
  

4. [ ] FCM collection analysis class 0/0 (?)

• [ ] For comparisons of data sets in collection
  

Modules /

• [ ] IO /
  
  • [ ] FCS read and write
    

  2. [ ] Bioconductor read and write 3. [ ] XML read and write

2. [ ] Compensate /

• [ ] Automated
  

2. [ ] Manual

3. [ ] Transform /

• [ ] Log
  

2. [ ] Logicle 3. [ ] Hyperlog

4. [ ] Project /

• [ ] PCA
  

2. [ ] ICA

5. [ ] Gate /

• [ ] Polygonal
  

2. [ ] Ellipse 3. [ ] Quadrant

6. [ ] Statistics /

• [ ] Exploratory /
  

• [ ] Targeted sampling
  

2. [ ] Clustering - Bayesian EM, DP family, variational

family, search family

3. [ ] Classification - mode hunting 4. [ ] Marker analysis - DiME

2. [ ] Inference /

• [ ] Data comparisons
  

2. [ ] Time series analysis 3. [ ] Stochastic shotgun search

7. [ ] Graphics /

• [ ] Gating
  

2. [ ] Statistical graphics

8. [ ] GUI /

• [ ] Web
  

2. [ ] Application

9. [ ] Data management /

• [ ] Database interface
  

2. [ ] Network interface

• . [ ] Parallel /
  
  • [ ] Multiprocessing
    

  2. [ ] MPI 3. [ ] Map-reduce with Hadoop/Dumbo

bryant2483341

niwanmao 发表于 2017-12-25 13:40
没有，你可以搜一下上述的Python源代码，然后参考着改成C

好的，谢谢倪老师

niwanmao

bryant2483341 发表于 2017-12-25 09:30
楼主有logical的C代码吗？

没有，你可以搜一下上述的Python源代码，然后参考着改成C

bryant2483341

楼主有logical的C代码吗？

niwanmao

haven_t 发表于 2012-10-18 17:45:39

                               
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太失望了，原来是用牛顿迭代法进行求根，和我之前写的一样。

那就是说logicle算法没什么神秘咯？

haven_t

niwanmao 发表于 2012-7-9 11:45

                               
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haven_t，看到一份有关logicle算法的matlab代码，声明里面说了，虽然stanford大学拥有专利权，但他们不限 ...

太失望了，原来是用牛顿迭代法进行求根，和我之前写的一样。

niwanmao

haven_t 发表于 2012-07-13 21:36:10

                               
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[quote]niwanmao 发表于 2012-7-13 09:53 [url=forum.php?mod=redirect&go

没时间学这门新语言了。先修改通过再说吧

haven_t

niwanmao 发表于 2012-7-13 09:53

                               
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也不少吧。python有很多现成的绘图、统计工具可以直接调用（如numpy、scipy、gnuplot）等，所以编起来肯 ...

那你可以用这个核心，然后按照自己的想法写GUI，这样就可以自己订制适合自己的软件了。

niwanmao

haven_t 发表于 2012-7-12 22:46

                               
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clone了一份,浏览了几个文件,发现代码量好少，可能是调用了很多其他库的函数. ...

也不少吧。python有很多现成的绘图、统计工具可以直接调用（如numpy、scipy、gnuplot）等，所以编起来肯定方便不少。建议你转型python吧：）