传统的小鼠TCRαβCD4 + T 细胞可以通过按Time设门、散射光参数和排除粘连细胞/死细胞来圈出活的淋巴细胞，并对 CD3ε + 或 TCRβ + 细胞和 CD4 + CD8α - 细胞进行设门。        使用 CD3ε 或 TCR-β 作为选择标记分析 CD4 T 细胞,可以避免将弱表达CD4的髓系细胞圈进来,这至关重要。某些组织中可能需要额外的标记来区分常规 CD4 T 细胞与其他非常规 T 细胞亚群,例如肝脏中的 CD4 + NKT 细胞。

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