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关于数据可视化——Dot plot的缩放

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发表于 2012-9-28 10:53:43 | 显示全部楼层 |阅读模式

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数据可视化是数据的分析的第一步,流式数据的显示可以直方图、散点图、等高线图和等高密度图,当然图形的形式可以有很多,但是都是在这几个图衍生出来的。作为终端用户,大致知道这几种就可以了,但如果涉及到开发层面就要涉及更多的细节,例如图形放大缩小时的处理。

首先要说明一下分辨率的概念。数据的储存的精度是有限的,早期的流式如Calibur的数据有256和1024分辨率可调,也就是数据分别以256和1024个等级储存,最大值分别是255和1023,最小值是0。那么分辨率对我们有什么影响呢?影响可以很大,也可以很小。在我们把256分辨率数据绘制成256*256像素Dot plot的时候,这是最简单的情况,数据是x,就在坐标为x的地方显示一个点,也就是点对点。如果把点图缩小也没问题,只要忽略中间的一些点就可以了。但如果我们把图形拉到512大小,也就是显示的分辨率高于数据分辨率,数值为0的数据显示在0的地方,数值是1在坐标为2的地方显示,结果坐标为1的地方永远没有数据落在其中,这样就造成图形有产生条纹。为了避免这种情况的发生,那时候的软件通常都会通过扩大Event的大小,使用固定分辨率来绘制图形,而不随着图形大小而变化。也就是说就算PLOT大一倍,Plot中的点也大一倍,以填充两个相邻Event中的空白像素。这个做法的优点是可以避免数据分辨率小于图形分辨率时所造成的条纹,而且运行的效率比较高,在放大缩小图形的时候图形在视觉上是不变的。不过缺点也正在此处,当我们数据分辨率足够大的时候,以低分辨率显示出来的图形就损失了部分的信息,即便把图形放大也无法改变,所以分析时拉大PLOT的尺寸意义并不大。正如低分辨率的图片强行拉大不会看得更清晰而只会出现马赛克。

现在的数字型流式的分辨率是非常高的,BD的仪器数据最大值能达到262144,相信没有一个显示器能点对点显示这个分辨率。可能就是因为这一点,所以Diva software使用了动态分辨率这个处理方法,也就是拉大Dot plot的尺寸,数据显示的精度也会增加。为了保证显示的精度,即便plot尺寸再大,每一个event都是以一个像素来显示,。因为数据的分辨率足够高,所以就不存在上述的条纹现象。

最后总结一下,使用固定分辨率来显示散点图的优点是能保证放大缩小的图形在视觉上没有差异。缺点是会丢失一些信息。动态分辨率来显示的优点是显示的精度能随plot放大缩小而改变,如果觉得群体分得不清楚想看清楚点,可以拉大plot的尺寸以此得到更好的效果。散点图的点密集的区域容易饱和,固定分辨率来显示的话如果饱和了,拉大图形也同样是饱和的,而动态分辨率则不一样,原来饱和的区域可以通过拉大plot的尺寸使其能显示更多的细胞。

当然以上所说的是线性的情况,对数显示就有点不一样了。

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发表于 2012-9-28 12:06:28 | 显示全部楼层
你的意思数字型的流式细胞仪数据储存方式是不是也与模拟型不一样?但是都是FCS文件,会有这么大区别?
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 楼主| 发表于 2012-9-28 12:51:30 来自手机 | 显示全部楼层
基本一样,但数据一点细小的差异就足以造成大错误
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发表于 2012-9-28 15:33:53 | 显示全部楼层
谢谢haven_t,学习了。
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 楼主| 发表于 2012-9-28 17:18:21 | 显示全部楼层
Diva与FlowJo对Dot plot缩放的效果。

Diva
SD1.JPG SD2.JPG

Flow jo
f1.JPG f2.jpg
在不改变显示细胞数的情况下Diva放大后数据分群清楚,而flowjo无改变。
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发表于 2012-9-28 18:22:36 来自手机 | 显示全部楼层

没有想到连缩放都存在这么多奥秘。你觉得哪种缩放更合理?
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 楼主| 发表于 2012-9-28 21:09:30 | 显示全部楼层
niwanmao 发表于 2012-9-28 18:22
没有想到连缩放都存在这么多奥秘。你觉得哪种缩放更合理?

各有各自的有缺点,合理与否因人而异,用户会自己调整的。正如临床的用户喜欢用多色散点图,科研用户喜欢用密度图,相信是因为那是Flow jo默认图形的原因。
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发表于 2012-9-28 22:19:45 来自手机 | 显示全部楼层
haven_t 发表于 2012-9-28 21:09:30

各有各自的有缺点,合理与否因人而异,用户会自己调整的。正如临床的用户喜欢用多色散点图,科研用户喜欢用密度图,相信是因为那是Flow jo默认图形的原因。

我还是倾向diva那种,因为我平时分析残留时由于细胞多经常需要把图形放大以便于更准确地圈中目的细胞
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 楼主| 发表于 2012-9-29 08:11:45 | 显示全部楼层
niwanmao 发表于 2012-9-28 22:19
我还是倾向diva那种,因为我平时分析残留时由于细胞多经常需要把图形放大以便于更准确地圈中目的细胞 ...

是有这样的情况,但实际用起来两者区别不是太大,所以没多少人留意,如果我不是写软件我也不会留意点大小这个差异,所以上次您那个关于Mathlab绘图和其他软件不一样的帖子也是同样的道理,点越大,分辨率越低,图形的分群就没那么清楚,所以你觉得两个图不一样。
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发表于 2013-1-5 20:07:59 | 显示全部楼层
haven_t 发表于 2012-9-29 08:11
是有这样的情况,但实际用起来两者区别不是太大,所以没多少人留意,如果我不是写软件我也不会留意点大小 ...

请问diva软件下的图,放到flowjo里面就有条纹了,怎样可以去掉条纹呢?
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