评审们最痛恨的5类流式论文错误

niwanmao

我们都知道，流式细胞术可对大群细胞进行单细胞检测，然后通过对细胞进行统计学分析，最后得出研究者所需要的结论。
同样，利用流式细胞术分选出非常复杂的群体也有助于进一步深入从基因组、蛋白质组、功能水平进行研究。

流式方面论文和基金的评审往往会非常注意实验执行中的细节，从中可以得知哪些数据是我们能够获得的，哪些是无法获得的。

说起来可能有点过于严厉，但确实有些评审非常痛恨一些错误，他们可能会因为这些错误就把你的论文给拒了。不过好在如果我们了解了评审不喜欢的，就能够学会设计一些更好、更准确的实验。

以下是评审们不喜欢看到的5个常见错误：

1、没有从终点事件出发对整个实验做出规划
从实验一开始，你实际上就需要考虑最终呈现在论文上的统计数据，所以无论是订购第一个试剂还是处理细胞，都需要围绕这个终点事件（即实验结果）。统计学家Frank Anscombe说过：“最重要的是我们要认识到问题的实质，解决我们能够解决的问题，而不是随意提出那些很容易解决但没有丝毫相关性的问题。”

充分了解你要解决的实验假说，并构思如何去证明假说，会使得研究者能够沿着实验设计、数据分析、统计学检验这条正确路线做出实验规划。

2、没有设计正确的抗体方案
理解实验假说后，抗体方案设计就要开始了（抗体方案的搭配我们之前有过两个比较好的帖子：http://www.flowcyto.cn/bbs/thread-4230-1-1.html、http://www.flowcyto.cn/bbs/thread-4226-1-1.html）。
方案的设计第一步就是了解要分析哪群细胞，了解这群细胞的比例变化还是表面抗原的变化，然后，根据仪器配置、荧光素设计出补偿尽可能小、检测分辨率尽可能丢失小的方案。设计的时候，还记得别忘了留下一个放置细胞死活染料的通道。

3、没有优化实验方案
实验方案需要优化，其优化步骤应该包括：
A、滴定抗体。所有的流式抗体均需要经过滴定和优化，其目标是为了获得最佳的信噪比和将荧光背景降到最小。
B、PMT电压。基于微球检测PMT灵敏度可确保实验是在PMT最敏感的电压进行。这些电压可以根据特定的细胞或荧光素组合调节，从而进一步优化实验的敏感性。

4、没有重复性
成功的流式实验需要耗费大量的时间和精力，包括构建正确的多色方案、确定正确的对照、重复实验。最后一项很重要，因为你需要证明你的实验结果并非偶然性，而是真正的生物学发现。
美国的共享资源实验室会花大量的时间在设备的质量控制上（QC），好的研究者应该是在他的实验中整合了QC步骤。这些QC管包括保证实验间PMT电压稳定的方法、保证实验正确进行的方法、保证设门可靠性的方法。

5、无法提供图形显示和设门的策略
最终的数据呈现可靠、可重复，这两点是非常重要的。除了要向评审解释设门策略外，还需要解释每个门是如何放置的。使用的对照、是否设置了截断值等问题也需要一一讨论。
现在的数字化流式细胞仪的流行，还需要把数据是否经过变换、补偿调节等写出来。
尽可能避免用一维图（就是直方图），一维图可呈现的信息量实在太少，并且容易让你有不少错误的认识。
还有，需要将图上的数据总量也呈现出来。

最后，不要只呈现图，流式数据也是一种定量数据，所以有时候还是尽量同时以表格方式列出结果。

niwanmao

cartoonyang 发表于 2015-4-14 12:03
但是还是很多文献的流式图还是采样直方图，散点图很少呢？

能用 散点图的尽量用散点图，直方图所展示的信息量太少。

wfz

流式，精益求精

Arcrain

赞！
以后做实验要注意了！

cartoonyang

但是还是很多文献的流式图还是采样直方图，散点图很少呢？