flowjo 10 backgating问题

chenjiehitnk

在使用flowjo10分析人的外周血流式检测结果时，首先通过FSC-SSC找到淋巴细胞，再圈出淋巴细胞内的CD3细胞，再圈出CD3内的CD8细胞。以上是逻辑关系。然后进行backgating时，为什么只有上一级的是正确的，再往上就超出圈的门之外了呢？按道理都应该是门内细胞。是软件使用的问题吗？

niwanmao

流式中文网知识星球上面也有站友问过类似问题，不知道是不是你：）

应该是FlowJo的Backgating不够完善，这么解释吧，你希望在CD3＋图上看CD3＋CD4－CD8＋的backgating，但是实际上显示的是所有CD4－CD8＋的信号，CD3＋门不起作用了。所以如果要想使前面的层级关系起作用，可能得把逻辑门放进去。

chenjiehitnk

niwanmao 发表于 2019-1-27 10:29
流式中文网知识星球上面也有站友问过类似问题，不知道是不是你：）

应该是FlowJo的Backgating不够完善，这 ...

老师，我没太理解逻辑门是什么意思。因为我的CD8 X X的多有细胞都来自于FITC X APC中的CD8+门，而FITC X APC中的所有门都来自于CD3 X SSC中的CD3门，这不是您说的逻辑门吗？

niwanmao

chenjiehitnk 发表于 2019-1-28 09:23
老师，我没太理解逻辑门是什么意思。因为我的CD8 X X的多有细胞都来自于FITC X APC中的CD8+门，而FITC X  ...

你这个设门没问题，逻辑正确，但是你只是用层级设门实现的，并没有给FlowJo一个明显的逻辑门公式。
因此，在Backgating显示的时候，FlowJo由于没有你给它的逻辑公式，所以就把前几个门的逻辑都抛弃了，显示所有CD8＋细胞，而没有用CD3＋门来限制。所以需要你另外建立一个逻辑门。
你看他们官方教程里面的Backgating也是无法阻止这些门外的信号显示：http://docs.flowjo.com/vx/graphi ... tation/le-backgate/

自己建立逻辑门就是利用Boolean Gate功能：http://docs.flowjo.com/vx/graphs ... d-gates/ws-boolean/

chenjiehitnk

niwanmao 发表于 2019-1-28 10:18
你这个设门没问题，逻辑正确，但是你只是用层级设门实现的，并没有给FlowJo一个明显的逻辑门公式。
因此 ...

谢谢老师，我是否可以这么理解，事实上我上面的层级关系得到的是我想要的细胞，只不过flowjo的backgating不能在此基础上给出正确的backgating。

niwanmao

chenjiehitnk 发表于 2019-1-28 10:25
谢谢老师，我是否可以这么理解，事实上我上面的层级关系得到的是我想要的细胞，只不过flowjo的backgating ...

对，你的层级关系没问题，比例没问题，只是FlowJo目前的Backgating显示逻辑没有按照你做的来显示。

huqing

chenjiehitnk 发表于 2019-1-28 03:25
谢谢老师，我是否可以这么理解，事实上我上面的层级关系得到的是我想要的细胞，只不过flowjo的backgating ...

我也遇到类似问题了，开始一直没想通，谢谢你们的解答