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[流式相关软件] 流式分析的t-SNE如何使用?

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发表于 2020-3-2 22:28:56 | 显示全部楼层 |阅读模式
1流星
flowjo软件上带有降维分析t-SNE的插件,请问该如何使用该功能进行聚类分析?聚类后的各群有何意义?
有没有关于t-SNE的讲解呢?

发表于 2020-3-3 07:57:48 | 显示全部楼层
t-SNE降维之后的分群,可以帮助你区分不同群体,但是不完全准确,个别亚群可能会有一些重叠,所以需要结合常规的二维图进行辅助分析 。

降维聚类本身形成的两个参数是没有含义的,纯粹就是为了分群。
 楼主| 发表于 2020-3-7 05:38:53 | 显示全部楼层
niwanmao 发表于 2020-3-3 07:57
t-SNE降维之后的分群,可以帮助你区分不同群体,但是不完全准确,个别亚群可能会有一些重叠,所以需要结合 ...

倪老师,我看咱公众号原来讲过一篇文章,上面也是用t-SNE分析的免疫细胞亚群,就是同一张t-SNE图上,可以用不同颜色表示多种的免疫细胞亚型(详见图及文章《Functional Analysis of Phagocyte Activity in Whole Blood from HIV/Tuberculosis-Infected Individuals Using a Novel Flow Cytometry-Based Assay》https://www.sohu.com/a/204553072_610701)。
但是我用flowjo上面的t-SNE分析完,最多只能在t-SNE上用下面那个伪三维图选项另外加一种marker,并且还十分难看。

请问作者用flowjo怎么做到能在一张t-SNE图上显示多种细胞亚群的?
有的文章还能在t-SNE上在 等高线图 的基础上用不同颜色表示不同的细胞亚群(之前看过,但图没找到),我看在flowjo上如果选了等高线图,连伪三维都加不上。他们又是怎么做的呢?

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自己做的只能显示一种颜色

自己做的只能显示一种颜色
发表于 2020-3-8 13:14:31 | 显示全部楼层
immunology 发表于 2020-3-7 05:38
倪老师,我看咱公众号原来讲过一篇文章,上面也是用t-SNE分析的免疫细胞亚群,就是同一张t-SNE图上,可以 ...

我们流式智子是可以很方便地做出这种形式的图的。只不过因为t-SNE比较慢,所以改用了另一种快速的算法,图形相似,而且是自动分群:
下载.png


不过流式智子目前由于是单线程的,暂时没有完全开放给大家,所以在FlowJo上你可以通过手动设门圈出各类细胞之后,再叠加到t-SNE图上。演示操作如下面的动图(900多KB,请等待加载完成,录制的时候分辨率比较高,故可点击图片可放大查看原始大小):
tSNE.gif
 楼主| 发表于 2020-3-13 13:58:34 | 显示全部楼层
niwanmao 发表于 2020-3-8 13:14
我们流式智子是可以很方便地做出这种形式的图的。只不过因为t-SNE比较慢,所以改用了另一种快速的算法,图 ...

非常感谢倪老师的耐心解答~十分透彻明了,谢谢老师。
发表于 2021-2-5 17:23:00 | 显示全部楼层
niwanmao 发表于 2020-3-8 13:14
我们流式智子是可以很方便地做出这种形式的图的。只不过因为t-SNE比较慢,所以改用了另一种快速的算法,图 ...

倪老师,他这个自动分群后,每个群体的CD maker表达是自动出来的吗?
发表于 2021-2-6 08:02:21 | 显示全部楼层
2019SLL 发表于 2021-2-5 17:23
倪老师,他这个自动分群后,每个群体的CD maker表达是自动出来的吗?

不是的,需要你手动标识。
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