流式分析的t-SNE如何使用？

immunology

flowjo软件上带有降维分析t-SNE的插件，请问该如何使用该功能进行聚类分析？聚类后的各群有何意义？
有没有关于t-SNE的讲解呢？

niwanmao

t-SNE降维之后的分群，可以帮助你区分不同群体，但是不完全准确，个别亚群可能会有一些重叠，所以需要结合常规的二维图进行辅助分析 。

降维聚类本身形成的两个参数是没有含义的，纯粹就是为了分群。

immunology

niwanmao 发表于 2020-3-3 07:57
t-SNE降维之后的分群，可以帮助你区分不同群体，但是不完全准确，个别亚群可能会有一些重叠，所以需要结合 ...

倪老师，我看咱公众号原来讲过一篇文章，上面也是用t-SNE分析的免疫细胞亚群，就是同一张t-SNE图上，可以用不同颜色表示多种的免疫细胞亚型（详见图及文章《Functional Analysis of Phagocyte Activity in Whole Blood from HIV/Tuberculosis-Infected Individuals Using a Novel Flow Cytometry-Based Assay》https://www.sohu.com/a/204553072_610701）。
但是我用flowjo上面的t-SNE分析完，最多只能在t-SNE上用下面那个伪三维图选项另外加一种marker，并且还十分难看。

请问作者用flowjo怎么做到能在一张t-SNE图上显示多种细胞亚群的？
有的文章还能在t-SNE上在 等高线图 的基础上用不同颜色表示不同的细胞亚群（之前看过，但图没找到），我看在flowjo上如果选了等高线图，连伪三维都加不上。他们又是怎么做的呢？

niwanmao

immunology 发表于 2020-3-7 05:38
倪老师，我看咱公众号原来讲过一篇文章，上面也是用t-SNE分析的免疫细胞亚群，就是同一张t-SNE图上，可以 ...

我们流式智子是可以很方便地做出这种形式的图的。只不过因为t-SNE比较慢，所以改用了另一种快速的算法，图形相似，而且是自动分群：



不过流式智子目前由于是单线程的，暂时没有完全开放给大家，所以在FlowJo上你可以通过手动设门圈出各类细胞之后，再叠加到t-SNE图上。演示操作如下面的动图（900多KB，请等待加载完成，录制的时候分辨率比较高，故可点击图片可放大查看原始大小）：

immunology

niwanmao 发表于 2020-3-8 13:14
我们流式智子是可以很方便地做出这种形式的图的。只不过因为t-SNE比较慢，所以改用了另一种快速的算法，图 ...

非常感谢倪老师的耐心解答~十分透彻明了，谢谢老师。

2019SLL

niwanmao 发表于 2020-3-8 13:14
我们流式智子是可以很方便地做出这种形式的图的。只不过因为t-SNE比较慢，所以改用了另一种快速的算法，图 ...

倪老师，他这个自动分群后，每个群体的CD maker表达是自动出来的吗？

niwanmao

2019SLL 发表于 2021-2-5 17:23
倪老师，他这个自动分群后，每个群体的CD maker表达是自动出来的吗？

不是的，需要你手动标识。

myy559

niwanmao 发表于 2020-3-8 13:14
我们流式智子是可以很方便地做出这种形式的图的。只不过因为t-SNE比较慢，所以改用了另一种快速的算法，图 ...

老师好，请问要怎么对比不同样本的t-SNE结果呢？比如各个免疫细胞在肝癌细胞刺激后的不同时间点的比例变化。如果将他们分开做t-SNE,出来的岛图形状不一样；如果concatenate合并成一个FCS,我不知道怎么分开去看不同的样本。

niwanmao

myy559 发表于 2023-3-6 11:20
老师好，请问要怎么对比不同样本的t-SNE结果呢？比如各个免疫细胞在肝癌细胞刺激后的不同时间点的比例变 ...

需要concentrate之后，再去跑t-SNE
跑完之后，通过Time参数分出不同的样本。

ccchen945

niwanmao 发表于 2023-3-6 11:41
需要concentrate之后，再去跑t-SNE
跑完之后，通过Time参数分出不同的样本。

老师你好，我想问下，当我3个样本concatenate后，用time参数不能很好的区分这3个样本，但是用sample ID能区分，请问一下我这个time为什么区分不了呀？