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[流式相关软件] 细胞周期圈门

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 楼主| 发表于 2021-4-1 08:34:46 | 显示全部楼层 |阅读模式
1流星
本帖最后由 慕容无瑕 于 2021-4-1 08:34 编辑

想请教各位老师,在做细胞周期后,发现药物处理后的细胞分布有变化,细胞群有漂移,圈门需要和对照保持一致还是说根据处理组的情况可以改动圈门的位置?还有CyExpert的流式细胞仪跑出来后建议用flow jo还是Modifit分析更好呢?

下图是对照组和处理组的圈门,如果按对照组圈门的话,就圈不全细胞了。
1.jpg

有时候是排黏连体的时候,发现处理后细胞凋亡多,这样圈门是对的么?
2.jpg
还有就是处理组经常出现下面这样的情况,flow jo无法分析,应该如何处理呢?
3.jpg





发表于 2021-4-1 09:03:23 | 显示全部楼层
细胞门,按照主群走,不需要固定在同一位置,因为处理之后,细胞的FSC和SSC是会发生改变的。
至于粘连体,这样的设门是对的。但是看你的拟合结果,拟合不正确,FlowJo无法拟合凋亡峰,所以需要Modfit软件。
 楼主| 发表于 2021-4-1 09:52:09 | 显示全部楼层
好的,谢谢倪老师。还想请问一下,黏连体圈门的时候,处理组也是发生了一点偏移,是不是也根据主群的位置调整圈门而不是固定和对照组一样?左下角的是凋亡细胞群么?在分析subG1峰和凋亡群的时候是否都要圈上呢?
 楼主| 发表于 2021-4-1 12:01:44 | 显示全部楼层
倪老师,还有一些情况是S期或者G2期是检测不到或者负数,这样的情况怎么解决呢?@niwanmao
4.jpg
发表于 2021-4-1 12:39:12 | 显示全部楼层
慕容无瑕 发表于 2021-4-1 12:01
倪老师,还有一些情况是S期或者G2期是检测不到或者负数,这样的情况怎么解决呢?@niwanmao

...

这个是拟合没做好。
 楼主| 发表于 2021-4-1 15:12:20 | 显示全部楼层
黏连体圈门的时候,处理组也是发生了一点偏移,是不是也根据主群的位置调整圈门而不是固定和对照组一样?左下角的是凋亡细胞群么?在分析subG1峰和凋亡群的时候是否都要圈上呢?@niwanmao
 楼主| 发表于 2021-4-1 15:13:25 | 显示全部楼层
niwanmao 发表于 2021-4-1 12:39
这个是拟合没做好。

倪老师,那这个应该怎么调呢?用ModFit调整后可以出现G2期,但是CV值更加大了。右图是Flow jo做的,应该怎样调整呢?
发表于 2021-4-1 16:01:19 | 显示全部楼层
慕容无瑕 发表于 2021-4-1 15:13
倪老师,那这个应该怎么调呢?用ModFit调整后可以出现G2期,但是CV值更加大了。右图是Flow jo做的,应该 ...

CV不是绝对的标准,主要是模型拟合出来的峰,是否符合真实分布,这个最关键。符合之后,再看CV和RCS是否合适 。
主要是调节G2:G1 peak的比例。
 楼主| 发表于 2021-4-1 17:08:18 | 显示全部楼层
niwanmao 发表于 2021-4-1 16:01
CV不是绝对的标准,主要是模型拟合出来的峰,是否符合真实分布,这个最关键。符合之后,再看CV和RCS是否合 ...

调节G2:G1 peak的比例是最终让平滑的黑线尽量贴合锯齿状的实际分布线么?Flow Jo好像没有办法调节怎么办呢
发表于 2021-4-2 16:45:18 | 显示全部楼层
慕容无瑕 发表于 2021-4-1 17:08
调节G2:G1 peak的比例是最终让平滑的黑线尽量贴合锯齿状的实际分布线么?Flow Jo好像没有办法调节怎么办 ...

Flowjo没法调的,你必须要用modfit。
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