肿瘤样本处理

毛豆24821

hi 各位老师好！

肿瘤的处理是否需要增加percoll或者CD45+bead富集这一步骤，近期发现有些转基因小鼠的肿瘤TIL表达不正常，比如CCR2-KO 小鼠，在肿瘤样本的单核和巨噬中依然可以发现CCR2表达强阳，但在同动物的blood中是明显阴性的。补偿也检查过，不像是补偿问题。
那就可能是panel设计问题，或者小鼠CCR2-KO并不完全的原因。但是panel如果有问题，那blood应该也会有问题才对；小鼠的KO问题也很奇怪，blood是符合预期的。
所以请教各位，是否可能是tumor的处理需要增加percoll或CD45+bead富集这一步骤，减少样本的非特异性？有这种经验的欢迎分享。

niwanmao

今天往回翻看才看到这个问题。

能否将图片和方案传上来，才能帮你分析，需要避免肿瘤组织的死细胞造成的非特异性荧光。

pc627901478

我也想问下，之前把肿瘤组织研磨获得单细胞染色后上机发现免疫细胞几乎没有，后来想着是不是应该先CD45富集一下再检测

niwanmao

pc627901478 发表于 2021-10-12 17:33
我也想问下，之前把肿瘤组织研磨获得单细胞染色后上机发现免疫细胞几乎没有，后来想着是不是应该先CD45富 ...

首先要保证肿瘤细胞解离成单细胞的效率和细胞活力，这两个因素都必须要保证。一般这两个因素保证了，免疫细胞不会没有的。

毛豆24821

niwanmao 发表于 2021-10-1 08:12
今天往回翻看才看到这个问题。

能否将图片和方案传上来，才能帮你分析，需要避免肿瘤组织的死细胞造成的非 ...

panel如下：


肿瘤FMO NO CCR2：

T FMO NO CCR2

Naive 野生型小鼠的肿瘤：

WT T-1

WT T-2

MouCCR2-KO 小鼠的肿瘤：

CCR2 KO T-1

CCR2 KO T-2

外周血FMO NO CCR2：

PB FMO NO CCR2

Naive 野生型小鼠的外周血：

WT PB-1

WT PB-2

MouCCR2-KO 小鼠的外周血：

CCR2 KO PB-1

CCR2 KO PB-2

野生型小鼠中外周血的CCR2表达明显，KO小鼠中外周血检测不到CCR2。
但在肿瘤中CCR2的表达，KO小鼠的比野生型小鼠表达明显降低，但是还是明显有阳性表达的。
FMO都是正常的。

请教老师是不是肿瘤样本处理问题，引入了非特异性？

niwanmao

毛豆24821 发表于 2021-10-13 15:06
panel如下：

这个结果我觉得挺好啊，你是指这1％左右的阳性吗？我觉得像背景。

毛豆24821

niwanmao 发表于 2021-10-13 21:50
这个结果我觉得挺好啊，你是指这1％左右的阳性吗？我觉得像背景。

MouCCR2-KO 小鼠的血液没问题的，主要是肿瘤，M-MDSC还有17%的阳性，Mac还有32%的阳性。

niwanmao

毛豆24821 发表于 2021-10-14 08:19
MouCCR2-KO 小鼠的血液没问题的，主要是肿瘤，M-MDSC还有17%的阳性，Mac还有32%的阳性。 ...

你们的模型里面，是能把全系列细胞的CCR2都能KO了？

不停

niwanmao 发表于 2021-10-14 10:54
你们的模型里面，是能把全系列细胞的CCR2都能KO了？

倪老师，我想请问下，它那第一个图分群那么不明显，是怎么确定门的呀？

niwanmao

不停 发表于 2021-12-28 00:27
倪老师，我想请问下，它那第一个图分群那么不明显，是怎么确定门的呀？ ...

根据最右侧那列的FMO对照。