全血T细胞圈门后MFI统计问题

夏之韵

如图。全血上机C6，选择淋巴细胞后，进一步染色找CD3+T细胞，实验目的是CD3+T细胞中目标抗体结合，由于结合很弱，统计MFI。（1）统计MFI，C6只能统计mean，第4个图，不圈细胞群直接统计的话，会被最右边一个非特异性点影响，MFI偏大很多（有的仪器可以统计geomean，这个问题就不严重），所以C6是否可以这样圈门统计？（2）但是圈门后却发现显示87%（一般高表达强阳性的才显示接近100%），另外的细胞在哪？

请各位高手帮忙解惑，谢谢。

niwanmao

夏之韵 发表于 2021-10-8 16:44
C6好像调不了，只有线性和log，坐标从0开始，最终调出来也就这样了，这样圈门到100%好奇怪，不是一群细胞 ...

细胞是同一群，问题在于仪器。C6调不了电压，导致一些信号在0以下。如果是其它能调电压的机器，就能让信号都出来，就能完整的成为一个群体了。
所以根源在机器，错觉在于显示。

夏之韵

这个问题怎么没人回答

niwanmao

之前没看到这个问题，奇怪。

1、如果C6无法统计，可在第三方软件上计算。在C6上圈门统计也可以。
2、只有87％，说明肯定有细胞在负轴或过大区域，可以将图缩小再看看其它信号。也可以将坐标轴改为双指数或Logicle（在flowjo上可改）。就能全部显示出来。

夏之韵

niwanmao 发表于 2021-9-30 15:56
之前没看到这个问题，奇怪。

1、如果C6无法统计，可在第三方软件上计算。在C6上圈门统计也可以。

谢谢倪老师解答，可以这样处理那就放心了。
（1）缩小到原始最小图看过，看到到的就这一群，80%多。把门划到看不到的地方才会显示100%。阴性对照（只有二抗）也是这样，所以感觉看不见的哪些不是要分析的细胞（附图见下）。
（2）因为是临床做占有实验的，没有正版第三方软件有点麻烦。
所以就只能这样处理了。

niwanmao

夏之韵 发表于 2021-9-30 17:06
谢谢倪老师解答，可以这样处理那就放心了。
（1）缩小到原始最小图看过，看到到的就这一群，80%多。把门划 ...

FCS文件发上来，我这边帮你看看。这样看来，很可能是信号贴在负轴那边导致显示不出来。

夏之韵

niwanmao 发表于 2021-10-1 08:08
FCS文件发上来，我这边帮你看看。这样看来，很可能是信号贴在负轴那边导致显示不出来。 ...

好的，可能还是需要第三方软件。

niwanmao

夏之韵 发表于 2021-10-8 11:20
好的，可能还是需要第三方软件。

确认了，按照你前面的逻辑设下来，很明显，就是负轴的信号导致比例没有100％的，这些信号在图上看上去似乎只有不多的几个点（因为在负轴他们是叠加在一起的），但实际上反过去你在A、B门上看，就会看到这些点并不少。
所以这里也给其它站友提个醒，分析时，尽量用双指数转换或者Logicle转换后的坐标分析各个参数。

夏之韵

niwanmao 发表于 2021-10-8 13:30
确认了，按照你前面的逻辑设下来，很明显，就是负轴的信号导致比例没有100％的，这些信号在图上看上去似 ...

C6好像调不了，只有线性和log，坐标从0开始，最终调出来也就这样了，这样圈门到100%好奇怪，不是一群细胞。就一条贴着轴。