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[其它] 流式和单细胞测序分析细胞分群一致性的问题

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 楼主| 发表于 2022-5-12 20:53:38 | 显示全部楼层 |阅读模式
1流星
做了6个wt,1个Lncko 小鼠的单细胞测序。首先使用流式细胞术对小鼠结肠和肠道肠粘膜固有层的CD45+CD11b+细胞进行富集分选。然后跑10x Genomics流程,得到matrix数据。现在要细胞注释亚群,然后分析:6个wt和1个Lncko相比,Ly6C hi 和 Ly6C lo 单核巨噬细胞的细胞比例区别。 就是说:6个wt和1个Lncko小鼠能否在细胞亚群注释后进行KO和WT间细胞比例的比较?比如,可以做6个wt某细胞比例取均值再与1个Lncko小鼠某细胞比例比较吗?

结果就需要一个细胞注释分群图(加一些marker在不同cluster的图)和一个细胞比例统计比较图(或多一个小提琴图)。
湿实验流式细胞术结果是ko后Ly6 Chi 那群细胞增多了,Ly6C lo 那群细胞减少了,可做参考。

第2个问题是:小鼠肠道肠粘膜固有层的髓系细胞富集后怎样进行细胞亚群注释?我搜集了一些markers和一些参考文献,但不太明白怎么把它们联合到一起分析。
我主要想分出Ly6C hi 和 Ly6C lo 单核/巨噬细胞这2个亚群来:
文献 4 (Kurt A. Zimmerman, 2019) 做的是:
1)Ly6chi (Chil3, Plac8) and Ly6clo (Fabp4,Ear2) infiltrating macrophages ------figure 3 C;
2)infiltrating macrophages (Ccr2,Itgam) resident macrophages (Adgre1,Fcgr1)
------figure 2 D E
3)embryonic-derived resident(C1qc, Cd81) macrophages
文献 3(Alexander Mildner,2017)做的是: (Figure 3C)
1)Ly6C+ monocytes (Lyz2, Ccr2, Ly6c2,Mpeg1, Sell, and Irf8) ;
2)Ly6C- monocytes(Nr4a1, Cebpb, Cd36, Pparg, Itgax, and Itgal)
还有1种分群是CD63+驻留巨噬细胞,其他是炎症巨噬细胞

谢谢

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发表于 2022-5-13 09:21:01 | 显示全部楼层
因为你的流式分群依据是Ly6C的不同表达水平,所以是否可以根据流式中的Ly6C hi和Ly6C low的比例(暂为金标准),然后分别对你找到的参考文献这些基因依次聚类,看看哪种依据与流式更有一致性?
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 楼主| 发表于 2022-5-13 12:17:00 | 显示全部楼层
我不太明白,怎样根据流式中的Ly6C hi和Ly6C low的比例来确定单细胞中ly6c2基因的表达水平呢?我是根据单细胞中ly6c2基因的表达水平分群的,强峰Ly6C++, 弱峰Ly6C+, 没有Ly6C-.  具体表达量怎么设我也不明白。
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 楼主| 发表于 6 天前 | 显示全部楼层
哪位同时是流式和单细胞测序的高手明白呢?
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发表于 6 天前 | 显示全部楼层
zjimmune 发表于 2022-5-13 12:17
我不太明白,怎样根据流式中的Ly6C hi和Ly6C low的比例来确定单细胞中ly6c2基因的表达水平呢?我是根据单细 ...

如果不用到分选,则是通过比例进行粗略的衡量和匹配。
如果要精确关联,最好是分选出Ly6C表达不同强度的细胞,做单细胞测序确定各群细胞靶基因的表达量。

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