FCS原始数据读取后如何进行Log转换？

niwanmao

这个问题涉及到编程，请有相关经验的站友，尤其是haven_t，帮忙解答一下。

昨天利用MATLAB代码读取了FCS文件里的原始数据之后，直接绘图，发现跟你的CFCS软件画的完全不同，我考虑可能是因为我没有对数据进行Log转换，不知道是不是这个缘故？如果要转换，该怎么进行？谢谢。

这是CFCS做的图：

CFCS的图

这是读取数据之后直接绘制的散点图：

不进行转换

chenbin

好的，谢谢，我下次提的时候试试看！！！！！！！！！！

niwanmao

chenbin 发表于 2012-11-15 19:01

                               
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不好意思，刚刚开始接触流式，很多地方不懂，让您见笑了！我们现在开始在做大鼠脑细胞的分选，本来以为里面 ...

细胞不分群是因为你取的细胞太多了，所以就看不清了。你可以在分析的时候让这幅图只显示几千个细胞，就可以看的出分群了。

chenbin

不好意思，刚刚开始接触流式，很多地方不懂，让您见笑了！我们现在开始在做大鼠脑细胞的分选，本来以为里面有很多种细胞，会有分群，但是做了之后才发现，细胞都挺小的没有怎么分群，跟图中（上面那张）类似，当然我们还没有做到加入荧光抗体那一步，现在只是在提单细胞悬液跑SSC/FSC图！

niwanmao

chenbin 发表于 2012-11-15 18:37

                               
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上面做的是极低含量的肿瘤干细胞分析分选。获取数量超过1300万细胞，CD133阳性细胞含量低于1/10万（0.0017% ...

这个可以的啊。

chenbin

上面做的是极低含量的肿瘤干细胞分析分选。获取数量超过1300万细胞，CD133阳性细胞含量低于1/10万（0.0017%），总共收集到100多个细胞

chenbin

见附件中的图片

niwanmao

chenbin 发表于 2012-11-15 17:40

                               
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站长，能不能给我们详细介绍一下平时我们跑的流式点状图在什么样的情况下要关联到log图中去，它们又是怎么 ...

这个图不叫log图，而是数据显示方式为Log模式，另一种是Lin模式。两种模式都可以用来显示，只是前者用来区分那些荧光数量级相差比较大的（例如阴性细胞表达强度在10E1以内，而高表达的细胞荧光强度在10E4，这时如果用Lin会导致数据点显示很难看）。Lin即线性模式适用于那些荧光范围不大的，例如FSC、SSC等，当然，象SSC有时也可以用Log显示，看自己需要而定。

chenbin

站长，能不能给我们详细介绍一下平时我们跑的流式点状图在什么样的情况下要关联到log图中去，它们又是怎么转换的，如何读取log图，我们那边实验室的老师知道有这么一个log图，但是设置和读取方面也不太懂。O(∩_∩)O谢谢！！！

niwanmao

haven_t 发表于 2012-07-07 23:42:53

                               
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[quote]niwanmao 发表于 2012-7-7 05:42 [url=forum.php?mod=redirect&got

ok，我试试。
另外，在网上看到10^（x/256）是不是log转换？我发现这样转换后的图变得更佳不像样

haven_t

niwanmao 发表于 2012-7-7 05:42

                               
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应该不是视觉上的问题，就看那堆cd117阳性细胞好了，跟下面那大堆阴性细胞距离，我用数据直接画出来的就特 ...

你先试一下改用最小的点或者不要绘制这么多细胞吧，点大并且细胞密度高就会造成这个效果，其实数据可视化是个比较复杂的问题。