曾有如此强大的免费流式分析软件Flowing

niwanmao

无论是在论坛上，还是在线下，常会有人问破解版FlowJo或破解版××哪里可以下载？可能商业软件的宣传比较深入人心吧。但是我真想说一句，有一个5年前出品的免费流式分析软件——Flowing，尽管5年未更新，但是其中的功能对于95％以上的人足够用，更值得一提的是，其中有几个功能商业软件都没做得这么贴心或者根本就没有。

这个软件是由芬兰的Perttu Terho等人开发，采用流程图方式分析，特色十足且清晰。

今天，我就稍微挑几个大家常用的、急需的功能用这个软件演示一下。

1、普通的散点图和密度图、设门相关
软件的分析流程和其它软件略有不同，需要先利用Visualization Tools下面的Plot或Histogram先绘制出图框（可绘制普通散点图，也可绘制密度图、直方图、叠加直方图，叠加直方图后面讲），再选择FCS文件（LMD文件也支持，但是我测试发现，大的LMD文件容易出错，所以还是建议优先用FCS文件）。


更改坐标参数，和其它软件类似，都是在坐标上鼠标右键选择。设门，则是在图上空白区域点鼠标右键，选择Create new Region，至于门的名称、颜色、逻辑组合、删除，都是在右侧Populations窗口鼠标右键执行，这些功能我觉得比Flowjo好用，尤其是逻辑组合：



2、散点图细胞太多，看不清，想少显示一些
对于获取稀有事件的朋友，会获取百万级别的细胞，此时，细胞群之间的分界就看不清楚，为此，就需减少显示的细胞数量，以便圈门。
Flowjo有这功能，Kaluza直到新的2.0版本才具备此功能，而Flowing在5年前就具备了此功能，而且其选择数据的功能十分多样。
在菜单中，选择Data Reduction Tools下面的Reduce Event Number：


会在主界面出现一个空白框Event Number Reducer：


选中该框，选择FCS文件后，然后鼠标右键选择减少事件的方法，可选择固定的数量，也可选择百分比，可选择从文件头取，也可以按照隔行取事件，最后将这个Event Number Reducer与散点图连接，即可显示数量减少后的图形：



3、特色：让直方图的门自动微调
不同数据文件之间，如果两个峰比较明显，但是其分群位置略有变动，大家经常需要自己去手动调，少许几个文件还好说，如果上百个数据一个个去调，要累死人的。
Flowing就有自动微调功能，不知道是否孤陋寡闻，这个功能我觉得还是非常特色的，很少有软件有此功能。

首先画一个Histogram，然后在上面分别画阳性峰和阴性峰的Region，这一步一定要做：


接着，从菜单Create→Region Control Tools下选择move Regions over Negative and Positive Populations：


将图形与该功能框连接后，默认是显示Non Active的：


鼠标右键点击该框，选择Active Control即可：


至于其中自动调整的算法，有三种算法可选，大多数用第一种，如果峰的分隔不是特别好或第一种调坏了，你可选择后面两种：


接下来用菜单中的Next file in directory或快捷键Ctrl＋N切换到下一个文件：


看下图的效果：



4、补偿调节
Flowing的补偿调节虽然没有商业软件可视化拖动滑动条那么简单，但相对来说，也算是比较清晰容易了。
首先选择Create→Data modification tools下面的Compensate Data功能：


出现一个空白框，将该框与已选择FCS文件的散点图连接（注意箭头朝向），然后按照下图的数字标识依次进行操作：Edit modifications→窗口中选择调节补偿的参数，Remove第一个参数 From第二个参数→点击Save之后，调整Spillover值，就可以看到散点图上的图形补偿发生了变化：



5、直方图叠加
选择Create→Visualization Tools下的Overlay Histogram：


接着将其它多个直方图与此框连接（箭头指向此框），即可完成叠加，但是坐标要求名称一致：


这里有FLOWER要问了，我要给直方图加上颜色，好办，只要给那两个普通的直方图加上颜色，叠加直方图也会自动显示透明色的：



6、批量处理和统计
商业软件的批处理都有做进去，Flowing的批处理也一点不逊色。
例如我要统计某个抗原表达率，逐级设门后，最后选择抗原表达的直方图或散点图，鼠标右键菜单中选Create Statistics ，就会出现Statistics框，将常见参数都显示出来了，这只是第一步，接下来在Statistics框上再点击鼠标右键，选择Create StatList，接下来，只需在散点图或直方图上，按Ctrl＋N或Ctrl＋P前后切换数据，就会看到StatList上不断有数据添加上去，最后只需复制StatList上的数据即可。




更多视频介绍
如果需要更详细的、更高清的视频教程，在官方网站上有wmv格式的视频教程下载：http://flowingsoftware.btk.fi/index.php?page=4，不过网速可能偏慢。

安装
软件需要.net framework 3.5支持，需从微软网站下载：http://www.microsoft.com/zh-cn/download/details.aspx?id=21 flowing官方网站的下载程序由于为clickonce发布的，故安装时会默认安装至c:\temp，容易被误删，故我将该目录下的程序提取并改名打包，上传于此，大家可在.net framework 3.5安装完成后直接解压缩运行：点此下载Flowing简洁压缩包，解压即可用


现在，你还要去找商业软件的话，我就无奈了

niwanmao

蒋佳焕 发表于 2019-3-29 12:27
ni老师，这个软件可以分析CytoFLEX机器出来的FCS文件吗？
我用mac破解版的FlowJo打开CytoFLEX的FCS文件就会 ...

cytoflex导出的fcs文件有点特殊，连beckman自家的kaluza一开始也兼容不好（最近可能有所改善）。所以建议尽量用自带的cytexpert吧。

bingbingyan0714

@niwanmao 先1操作完save就成2了

niwanmao

lxk47640 发表于 2024-3-10 04:57
原因应该是FCS 3.0, 2.0版本的问题，是不是3.0的读不了

3.0可以读取的

lxk47640

wilsay@126.com 发表于 2018-7-24 15:13
倪老师，我用flowing怎么打不开FCS文件呢？每次点击时总提示说文件格式不是FCS，可我存的确实是 ...

原因应该是FCS 3.0, 2.0版本的问题，是不是3.0的读不了

Phoebe

niwanmao 发表于 2022-4-17 19:53
不能的，这个软件当初出来的时候，还没降维这个概念。

降维并非是无所不能的，受到数据量的限制。 ...

谢谢倪老师，记得你写过一些降维分析的代码，很厉害。

niwanmao

Phoebe 发表于 2022-4-17 17:56
倪老师，这个软件可以进行降维分析么

不能的，这个软件当初出来的时候，还没降维这个概念。

降维并非是无所不能的，受到数据量的限制。

Phoebe

倪老师，这个软件可以进行降维分析么

niwanmao

Hanty 发表于 2021-12-15 15:12
请问，这个Flowing软件可以打开LMD格式的文件吗，谢谢

可以的。

Hanty

请问，这个Flowing软件可以打开LMD格式的文件吗，谢谢

Hanty

你好，请问一下我下载的.net framework 3.5软件，安装的时候没有一点反应，是怎么回事，谢谢

咸鱼小姐姐

niwanmao 发表于 2019-12-16 16:02
FlowJO那个图里面，两个直方图是不是未设门？因为左侧蛮多信号拖尾的。

设门了，可能圈的范围比较大。那倪老师Flowing软件作图那个没有颜色怎么回事呀？还有从叠图上可以分析出重合与未重合部门的比例关系么？