flowjo t-SNE分析

myy559

niwanmao 发表于 2023-3-7 19:44
你点击左侧这个图横坐标的三角按钮，确认一下是否有Time参数。

这边是有time参数的

myy559

niwanmao 发表于 2023-3-7 19:44
你点击左侧这个图横坐标的三角按钮，确认一下是否有Time参数。

选择TIME之后看到的是这样子的

niwanmao

myy559 发表于 2023-3-8 09:19
选择TIME之后看到的是这样子的

对的，从上面，你可看到两段中间被空白切断的，左边就是合并前的第一个选中的样本，右边就是合并前的后一个选中样本。你用矩形门分别圈中两个样本对应的样本数据即可。

myy559

niwanmao 发表于 2023-3-8 09:23
对的，从上面，你可看到两段中间被空白切断的，左边就是合并前的第一个选中的样本，右边就是合并前的后一 ...

感谢老师，我已经做出两个样本的对比图了。我还有一个问题：


前面提到，如果我要对比样本一和样本二的t-SNE，需要先将二者的fsc文件通过concatenate合并为一个concat.fcs文件，然后对这个文件跑t-SNE。最后，通过TIME轴和画门的方法将两个样本分开，就可以得到两个样本的对比图。我的疑问点在于：当我把两个样本合并后，我如何知道两个样本各自对应的t-SNE是哪一个呢？比如在附图中，我如何判断左边圈出来的门（以及与之对应的岛图）是属于样本一还是样本二呢？

烦请老师答疑，以及上述操作过程中有不对之处请您指正。

niwanmao

myy559 发表于 2023-3-8 10:17
感谢老师，我已经做出两个样本的对比图了。我还有一个问题：

啥意思？圈中哪群就是哪个文件啊，合并前，难道你顺序不知道？tNSE是在哪个门下，就是哪个样本的降维图

myy559

niwanmao 发表于 2023-3-8 10:56
啥意思？圈中哪群就是哪个文件啊，合并前，难道你顺序不知道？tNSE是在哪个门下，就是哪个样本的降维图 ...

好的好的 谢谢老师

myy559

niwanmao 发表于 2023-3-8 09:23
对的，从上面，你可看到两段中间被空白切断的，左边就是合并前的第一个选中的样本，右边就是合并前的后一 ...

老师您好，我遇到的另一个问题是：同一个细胞群在不同样本的t-SNE岛图中的颜色不一样，只能手动调整为一致，这样不利于比较。请问有什么方法可以规避这个问题吗？谢谢老师。

niwanmao

myy559 发表于 2023-3-8 15:33
老师您好，我遇到的另一个问题是：同一个细胞群在不同样本的t-SNE岛图中的颜色不一样，只能手动调整为一 ...

是只能手动调一致的。

myy559

niwanmao 发表于 2023-3-8 16:59
是只能手动调一致的。

好的 感谢老师解答