个性化流式细胞术评估血管健康：评估糖尿病心血管健康...

niwanmao

背景：目前尚无廉价而准确的评估患者心血管健康状况的血液检测。本研究将新型多色流式细胞术与流式细胞术指纹（cytometric fingerprinting (CF)）结合起来，以准确分析循环干祖细胞（CPCs，参与促血管生成和血管修复）和微颗粒（MPs，常常参与炎症反应和栓塞病理机制）。CF可从CPCs和MPs的表达中发现患者独特的模式，从而生成该患者特有的血管健康指标（VHP）。
方法：CPCs和MPs分别采用相关的免疫标记，同时检测Ⅱ型糖尿病和年龄类似的健康供者，并利用CF进行分析。
CPC抗体组合：FITC-CD31 (BD Cat# 555445, Clone WM59), PE-Cy7-CD34 (BD Cat#348791, Clone 8G12), Percp-Cy5.5-CD3 (BD Cat# 340949, Clone SK7), Percp-Cy5.5-CD33 (BD Cat# 341650, Clone P67.6), Percp-Cy5.5-CD19 (BD Cat# 340951, Clone SJ25C1), V450-CD45 (BD Cat#560367 Clone HI30), PE-CD133 (Miltenyl Biotec Cat# 130-080-801, Clone AC133),APC-VEGFR2 (R&D Cat# FAB357A, Clone 89106)
MP抗体组合：FITC-Annexin-V (BD Bioscience Cat# 556570), PE-CD144 (BD Bioscience Cat# 560410, clone 55-7H1), Percp-Cy5.5-CD64 (BD Bioscience Cat# 561194, Clone 10.1), AF647-CD105 (BD Bioscience Cat# 561439, clone 266), APC-H7-CD41a (BD Bioscience Cat# 561422, clone HIP8), PE-Cy7-CD31 (Biolegend Cat#303118, clone WM59), BV421-CD3 (Biolegend Cat# 300433, Clone UCHT1).
结果：糖尿病患者的循环造血干祖细胞(CHSPCAng)量明显低于健康供者。在微颗粒检测上，除了CD31 bright/CD41 abright这群MP糖尿病患者偏低，其它7群微颗粒（CD3＋ T-Lymphocyte MPs, CD105＋ Endothelial MP, Annexin V＋MPs ， CD31＋ MPs， CD41a＋ ，Annexin V＋/CD31＋/CD41a＋， CD31dim/CD41adim）的水平均是糖尿病患者偏高。这些指标结合起来，可能对药物研发、临床风险评估、诊断等起着一定作用。

糖尿病患者和健康供者的CP区别

＝＝＝＝＝免费在线阅读＝＝＝＝＝
使用流式中文网资料阅读器在线阅读，免流星，内容与附件完全一样，且支持划词翻译（使用帮助）

                               
登录/注册后可看大图

（如图片无法正常显示请复制链接：http://www.flowcyto.cn/bbs/reade ... h8VQY75TDDHcTGkj6v4）
◢如确实需要下载附件，请见： Personalized Cytomic Assessment of Vascular Health.pdf (403.37 KB, 下载次数: 6, 售价: 1 流星)

2013-7-8 08:49 上传

点击文件名下载附件

，下载需要1颗流星（为什么？）

dragonhzqsmmu

感谢老师提供这篇好文章，有几个问题：
1、这篇文章分析数据和自动圈门用的是R软件而不是常用的flowjo、FCS express或者其他第三方软件，R软件在自动设门方面是不是优于上述商业化软件？

2、评估微粒用了三种微球，0.3um，1um和3um，但好像也有文献用的是0.8um和1um微球，上述哪种策略更好点？我们日常做科研的话是否必需用到2-3种不同直径的微球，还是就1um的微球就OK了？

3、文章里面还提到了“fingerprints” 这个是流式细胞的“指纹图谱”，以往只在色谱或者质谱里面看到，是表示某种细胞表面标志的代表集合？

dragonhzqsmmu

dragonhzqsmmu 发表于 2013-7-8 11:06

                               
登录/注册后可看大图

感谢老师提供这篇好文章，有几个问题：
1、这篇文章分析数据和自动圈门用的是R软件而不是常用的flowjo、FCS ...

找到fingerprint的几篇参考文献，感觉这是一种新的减小操作者评估分群误差的新的数学方法，看来得好好学习一下R语言了

niwanmao

dragonhzqsmmu 发表于 2013-7-8 11:06

                               
登录/注册后可看大图

感谢老师提供这篇好文章，有几个问题：
1、这篇文章分析数据和自动圈门用的是R软件而不是常用的flowjo、FCS ...

1、软件是用R语言。确实如你后来找到的资料，flowFP是一个R语言包，但是老实说，我对fingerprint目前还是一知半解。应该说，flowjo和FCS express等商业化软件更注重的是图形化分析，是常规分析方法，而fingerprint更倾向于是一种统计学处理方法。

2、微球的选择可以请@didi_zhou 来回答一下。我没做过这方面的实验，所以只能猜测选择多大的微球，跟检测的微颗粒大小有关系。

3、我个人的理解是fingerprint就是类似于microarray里面那种图形，给每一个流式标本可生成其独特的指纹。一起努力学习一下，届时再讨论讨论。

niwanmao

dragonhzqsmmu 发表于 2013-7-8 12:47

                               
登录/注册后可看大图

找到fingerprint的几篇参考文献，感觉这是一种新的减小操作者评估分群误差的新的数学方法，看来得好好学 ...

其实我觉得你第二篇文献中的那个图（见下图）就很好的解释了流式fingerprint的产生和应用。

流式fingerprint

tanweifeng

作为自动算法，R语言确实优于其他软件，因为其开源的属性，为他添砖加瓦的人才太多，但是R语言没有图形界面，需要熟悉R语言命令的才能较好使用。

niwanmao

tanweifeng 发表于 2013-7-10 23:09

                               
登录/注册后可看大图

作为自动算法，R语言确实优于其他软件，因为其开源的属性，为他添砖加瓦的人才太多，但是R语言没有图形界面 ...

总体还好，除非你要编程，如果不需要编程，基本上每个包都有完整的说明文档，可以直接参照说明文档做，还算简单的。

didi_zhou

dragonhzqsmmu 发表于 2013-7-8 11:06

                               
登录/注册后可看大图

感谢老师提供这篇好文章，有几个问题：
1、这篇文章分析数据和自动圈门用的是R软件而不是常用的flowjo、FCS ...

最好情况下是用0.3、0.1、3，3种微球，这样可以大概画出MP的范围。不过也可以只用1的，画出Noise到1之间的算MP也可以。不过要看机器的分辨率了，不一定所有的都分得开，所以要加一个AV。

leosurely

第一次听到cytometric fingerprinting 这个概念，要好好学习一下，谢谢倪老师的分享。