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楼主: mayi009

[凋亡检测] PI单染测凋亡

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发表于 2013-4-18 12:33:06 | 显示全部楼层

如果是我,我肯定不圈。肯定是碎片。
组织样本处理不好?流式中文网原研的魔滤®魔杵®套装,低成本解决,高质量收获
 楼主| 发表于 2013-8-8 11:20:33 | 显示全部楼层
呵呵,好久没上来了,论坛还是那么热闹!

又有问题需要骚扰一下老师,还是PI单染测凋亡的问题,对于G1偏态峰分析凋亡我一直分析不好。附件里文件1是对照组,2,3是样本组,软件自动分析样本组都有20%左右的凋亡率,感觉分析结果偏高了,但手动分析也分析不好,感觉对modfit还是不太会使用。麻烦老师帮忙分析一下,再次请教了!

PI.rar

443.96 KB, 下载次数: 6

流式中文网FlowGuard®流式专用保存液,无需冻存,稳定保护各类流式样本,从容完成实验
发表于 2013-8-8 21:10:38 | 显示全部楼层
mayi009 发表于 2013-8-8 11:20
呵呵,好久没上来了,论坛还是那么热闹!

又有问题需要骚扰一下老师,还是PI单染测凋亡的问题,对于G1偏态 ...

我用Modfit 3.1版本手工拟合也是始终拟合不好,因为这个subG1峰跟G1靠的很近,而且只是一个斜肩峰,所以modfit拟合时就将很大一部分G1峰算到subG1了,结果明显偏大。不知道新版本3.3有没有解决此问题。

不过flowjo的拟合似乎没这个问题,不受斜肩峰影响,结果如下:
20130808-Untitled.png
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 楼主| 发表于 2013-8-9 15:42:32 | 显示全部楼层
我用的是Modfit 3.2版本,手上没有flowjo,所以没试过,原来flowjo还可以分析周期。flowjo没有给出sub-G1峰型,只出数据?super-G2是什么?
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发表于 2013-8-9 19:06:13 | 显示全部楼层
mayi009 发表于 2013-8-9 15:42
我用的是Modfit 3.2版本,手上没有flowjo,所以没试过,原来flowjo还可以分析周期。flowjo没有给出sub-G1峰 ...

以下解释是flowjo中文博客中的说明:
FlowJo 分析细胞周期时候,用S,G1, G2 去模拟周期,对于G1之前,G2之后的笼统用Sub-G1或者Super-G2来统计,给出一个百分比。FlowJo只给出sub-G1的百分比,从严格意义上来讲,并不能分析细胞凋亡。sub-G1其实很可能就是凋亡细胞,但是从科学理论来讲的话,用户还是需要对细胞染专门的凋亡marker,然后再用FlowJo来分析凋亡细胞。细胞周期平台对于凋亡细胞的分析来说并不是一个合适的工具。
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发表于 2013-8-13 15:41:56 | 显示全部楼层
mayi009 发表于 2013-8-8 11:20
呵呵,好久没上来了,论坛还是那么热闹!

又有问题需要骚扰一下老师,还是PI单染测凋亡的问题,对于G1偏态 ...

看看能不能用。
001.fcs_PI-A_20130806.JPG
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组织样本处理不好?流式中文网原研的魔滤®魔杵®套装,低成本解决,高质量收获
发表于 2013-8-13 19:43:39 | 显示全部楼层
didi_zhou 发表于 2013-8-13 15:41
看看能不能用。

这个是用multicycle吧?那软件我还真不会用,每次选择这选择那的,到最后很多按钮都变灰了。
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发表于 2013-8-13 22:44:08 | 显示全部楼层
niwanmao 发表于 2013-8-13 19:43
这个是用multicycle吧?那软件我还真不会用,每次选择这选择那的,到最后很多按钮都变灰了。 ...

我也是今天才会用的,BC的机器可以直接另存为.HST直方图文件,打开就自动拟合。
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发表于 2013-8-13 23:02:53 | 显示全部楼层
didi_zhou 发表于 2013-8-13 22:44
我也是今天才会用的,BC的机器可以直接另存为.HST直方图文件,打开就自动拟合。 ...

普通的FCS文件拟合步骤你懂么?教一下吧:)
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发表于 2013-8-13 23:29:20 | 显示全部楼层
niwanmao 发表于 2013-8-13 23:02
普通的FCS文件拟合步骤你懂么?教一下吧:)

这个就是直接用的FCS文件弄的啊。
我去截几张图先,您等等。
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