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你知道分析时如何正确设门吗?

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发表于 2015-7-9 21:54:33 | 显示全部楼层 |阅读模式

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在检测时,我们使用阴性样本和实验样本检测后,可能会得到三种主要的不同分布结果:

如果是阳性群和阴性群分开非常明显,轻松设门(如下图)
Marker-Fig1-1.png
如果实验样本的峰只是发生了一点点偏移,说明抗原表达非常微弱,此时用平均荧光强度(geomean或median)进行对比更合适(如下图) Marker-Fig2-1.png


还有一种情况,就是出现阳性峰,但是阳性峰表达还是很弱,与阴性峰分不开(如下图),此时,可以用阴性样本设置marker进行百分比分析。那么这里就要提到一个大家分析时非常常见和纠结的问题,就是阴性样本的百分比是不是必须设置为0.1%?其实并不是这么计算,按照高斯分布理论,要确保3SD的样本都在范围内,确实需要0.1%的阈值,但实际上很多时候样本会存在一些拖尾或其它影响因素,还是可以将设门阈值提高到2%以内(2SD)的,否则仍然坚持你的0.1%思想就会影响到结果(如下图C)。
Marker-Fig3-1.png


我个人的方法是沿着峰的右侧肩最靠近坐标轴的曲线,在变平前画一段延伸,与X轴交叉处,并且小于2%的,可定为Marker位置(见下图)。
2015-07-09_214727.gif


可能很多人觉得主观性比较大,只能这么说吧,在这种情况下,确实是只能采用这种半主观的定量方法,当然随着流式细胞术发展,相信会解决此类难题。
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发表于 2015-7-9 22:30:40 | 显示全部楼层
有算法解决的。
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 楼主| 发表于 2015-7-10 08:37:46 | 显示全部楼层
haven_t 发表于 2015-7-9 22:30
有算法解决的。

杜兄可否详述?
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发表于 2015-7-11 22:14:59 | 显示全部楼层

flowjo里面有个直方图比较的功能,好像提供了两种比较的方法。
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发表于 2015-7-14 12:17:56 | 显示全部楼层
倪老师,设门的时候,1)阳性和阴性群分开明显情况下,划阳性门时,阳性门内是不是1%以下就可以?2)弱阳性情况下,阳性门是不是也保持1%?画在阴性阳性峰交叉的位置可以吗?3)阴性阳性峰分不开的情况下,按照上文理解,是不是使阳性门保持2%以下就是合理的?刚开始做流式,很多基础问题不懂,请您指教。
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 楼主| 发表于 2015-7-14 20:27:57 | 显示全部楼层
laogong_wo 发表于 2015-7-14 12:17
倪老师,设门的时候,1)阳性和阴性群分开明显情况下,划阳性门时,阳性门内是不是1%以下就可以?2)弱阳性 ...

1、分群明显时,1%也不是硬性规定,关键是划在那个曲线延伸段和X轴的交叉处。
2、弱表达,能用MFI最好用MFI,一定要用百分比,也按照上面所说的。
3、两群分不开的时候,也是同样原则,找对点,尽量2%以内。
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发表于 2015-11-4 17:56:20 | 显示全部楼层
老师  你好  我才开始研究流式细胞仪  我想问一下你上面提到的SD是什么意思
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 楼主| 发表于 2015-11-5 15:13:49 | 显示全部楼层
小宁 发表于 2015-11-4 17:56
老师  你好  我才开始研究流式细胞仪  我想问一下你上面提到的SD是什么意思  ...

SD是指标准差。
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发表于 2015-11-10 16:52:47 | 显示全部楼层
倪老师,你好,关于上面的第二条,弱阳性的设门我没有怎么看懂,您能不能更加详细的给我讲解一下,怎么确定MEDIAN值?是不是用MEAN值也可以呢?谢谢
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 楼主| 发表于 2015-11-10 19:12:32 | 显示全部楼层
lypzy1221 发表于 2015-11-10 16:52
倪老师,你好,关于上面的第二条,弱阳性的设门我没有怎么看懂,您能不能更加详细的给我讲解一下,怎么确定 ...

如果波的分布呈高斯分布,那么median和geomean是一样的,如果倾斜的话,那么建议用median。
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